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万見
- PDB-2o2p: Crystal structure of the C-terminal domain of rat 10'formyltetrah... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o2p
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of rat 10'formyltetrahydrofolate dehydrogenase
要素Formyltetrahydrofolate dehydrogenaseホルミルテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALDEHYDE DEHYDROGENASE (アルデヒドデヒドロゲナーゼ) / FDH
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of folate and pterines / aldehyde dehydrogenase (NADP+) activity / ホルミルテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ / formyltetrahydrofolate dehydrogenase activity / 10-formyltetrahydrofolate catabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / NADPH regeneration / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / bile acid signaling pathway / folic acid metabolic process ...Metabolism of folate and pterines / aldehyde dehydrogenase (NADP+) activity / ホルミルテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ / formyltetrahydrofolate dehydrogenase activity / 10-formyltetrahydrofolate catabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / NADPH regeneration / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / bile acid signaling pathway / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / protein-containing complex binding / protein-containing complex / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase / Formyl transferase, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase active site. / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily ...10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase / Formyl transferase, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase active site. / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase / Cytosolic 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tsybovsky, Y. / Donato, H. / Krupenko, N.I. / Davies, C. / Krupenko, S.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of the carboxyl terminal domain of rat 10-formyltetrahydrofolate dehydrogenase: implications for the catalytic mechanism of aldehyde dehydrogenases.
著者: Tsybovsky, Y. / Donato, H. / Krupenko, N.I. / Davies, C. / Krupenko, S.A.
履歴
登録2006年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
B: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
C: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
D: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,54436
ポリマ－226,4864
非ポリマー3,05832
水32,3371795
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25470 Å2
ΔGint-421 kcal/mol
Surface area60100 Å2
手法PISA
2
A: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
B: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
C: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
D: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
B: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
C: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
D: Formyltetrahydrofolate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)459,08972
ポリマ－452,9728
非ポリマー6,11664
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area52430 Å2
ΔGint-863 kcal/mol
Surface area118710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)259.500, 194.400, 97.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological unit is the tetramer

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要素

#1: タンパク質
Formyltetrahydrofolate dehydrogenase / ホルミルテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ


分子量: 56621.547 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain, residues 397-902 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: FTHFD / プラスミド: PRSET-B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q5HZB2, UniProt: P28037*PLUS, ホルミルテトラヒドロ葉酸デヒドロゲナーゼ
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 485421 / Num. obs: 485421 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 47647 / Rsym value: 0.558 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2O2Q

2o2q


解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.236 / SU ML: 0.041 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 24236 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
all0.175 485404 --
obs0.175 485404 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.203 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å20.49 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15296 0 164 1795 17255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02216135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2561.96421870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.20352030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.89524.693716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.256152790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7091580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.22423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.28016
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.211197
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.21625
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0660.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6941.510307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.137216177
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.92636551
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9864.55683
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 1728 -
Rwork0.259 33456 -
obs-35184 95.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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