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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2o0j | ||||||
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タイトル | T4 gp17 ATPase domain mutant complexed with ADP | ||||||
要素 | DNA packaging protein Gp17染色体 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / nucleotide-binding fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral terminase, large subunit / DNA nuclease activity / viral genome packaging / viral procapsid maturation / viral DNA genome packaging / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity ...viral terminase, large subunit / DNA nuclease activity / viral genome packaging / viral procapsid maturation / viral DNA genome packaging / nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, S. / Rossmann, M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: MOL.CELL / 年: 2007 タイトル: The Structure of the ATPase that Powers DNA Packaging into Bacteriophage T4 Procapsids 著者: Sun, S. / Kondabagil, K. / Gentz, P.M. / Rossmann, M.G. / Rao, V.B. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL MOLECULE FOR THE PROTEIN IS UNKNOWN. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2o0j.cif.gz | 98.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2o0j.ent.gz | 71.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2o0j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/2o0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/2o0j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Each asymmetric unit contains one copy of gp17 ATPase domain. The stoichiometry of gp17 in T4 prohead is unknown. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44225.098 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal ATPase domain / 変異: D255E, E256D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: 17 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3plys / 参照: UniProt: P17312 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 22% PEG 3350, 0.2M KNO3, 8% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.20373 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月6日 詳細: Si(111) Double Crystal Monochromator. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.20373 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 45358 / Num. obs: 45358 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Χ2: 2.012 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 4.29 / Num. unique all: 4371 / Rsym value: 0.439 / Χ2: 1.428 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2O0H 解像度: 1.8→30.62 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.241 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.017
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