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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ntk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PurO/IMP from Methanothermobacter thermoautotrophicus | ||||||
要素 | IMP cyclohydrolaseIMPシクロヒドロラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha-beta-beta-alpha NTN hydrolase fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å | ||||||
データ登録者 | Kang, Y.N. / Tran, A. / White, R.H. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007 タイトル: A novel function for the N-terminal nucleophile hydrolase fold demonstrated by the structure of an archaeal inosine monophosphate cyclohydrolase. 著者: Kang, Y.N. / Tran, A. / White, R.H. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ntk.cif.gz | 169.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ntk.ent.gz | 133 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ntk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/2ntk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/2ntk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24030.787 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: PurO / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O27099, IMPシクロヒドロラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-IMP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.46 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 25-30% MPD, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate buffer, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.97949 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月25日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→50 Å / Num. all: 66529 / Num. obs: 65280 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 26.99 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 6.27 / Num. unique all: 6678 / Rsym value: 0.215 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1KUU 解像度: 2.03→27.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 862209.91 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.7496 Å2 / ksol: 0.412293 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→27.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.03→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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