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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2nry | ||||||
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タイトル | Crystal structure of IRAK-4 | ||||||
要素 | interleukin-1 receptor-associated kinase 4IRAK4 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / kinase (キナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / staurosporine (スタウロスポリン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding ...IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / neutrophil migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil mediated immunity / interleukin-1 receptor binding / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / Toll様受容体 / extrinsic component of plasma membrane / JNK cascade / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Interleukin-1 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / PIP3 activates AKT signaling / kinase activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to lipopolysaccharide / endosome membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / リン酸化 / protein serine kinase activity / 自然免疫系 / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / 細胞膜 / extracellular space / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Z. / Liu, J. / Walker, N.P.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2006 タイトル: Crystal structures of IRAK-4 kinase in complex with inhibitors: a serine/threonine kinase with tyrosine as a gatekeeper. 著者: Wang, Z. / Liu, J. / Sudom, A. / Ayres, M. / Li, S. / Wesche, H. / Powers, J.P. / Walker, N.P.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2nry.cif.gz | 240.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2nry.ent.gz | 195.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2nry.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/2nry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/2nry | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34497.980 Da / 分子数: 4 / 断片: Protein kinase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) 参照: UniProt: Q9NWZ3, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-STU / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.4 詳細: 2.6 - 2.9 M ammonium sulfate, PH 6.4-7.9 , EVAPORATION, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.13→90 Å / Num. obs: 79301 / Rsym value: 0.06 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→90 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 5.45 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.421 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→90 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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