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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2n2h | ||||||
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タイトル | Solution structure of Sds3 in complex with Sin3A | ||||||
要素 |
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キーワード | Transcription (転写 (生物学)) / protein binding (タンパク質) / transcription repression / corepressor complex (コリプレッサー) / histone deacetylase complex (ヒストン脱アセチル化酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of MECP2 expression and activity / HDACs deacetylate histones / response to methylglyoxal / SUMOylation of transcription cofactors / regulation of hormone levels / cerebral cortex neuron differentiation / blastocyst hatching / negative regulation of circadian rhythm / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha ...Regulation of MECP2 expression and activity / HDACs deacetylate histones / response to methylglyoxal / SUMOylation of transcription cofactors / regulation of hormone levels / cerebral cortex neuron differentiation / blastocyst hatching / negative regulation of circadian rhythm / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of stem cell population maintenance / Ub-specific processing proteases / cellular response to dopamine / transcription regulator inhibitor activity / negative regulation of protein localization to nucleus / regulation of axon extension / positive regulation of stem cell population maintenance / Sin3-type complex / type I interferon-mediated signaling pathway / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / heterochromatin formation / positive regulation of defense response to virus by host / response to organonitrogen compound / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / transcription repressor complex / activation of innate immune response / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of cell migration / cellular response to glucose stimulus / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein localization / 動原体 / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / rhythmic process / in utero embryonic development / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA複製 / nuclear body / クロマチンリモデリング / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / chromatin binding / クロマチン / protein-containing complex binding / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Clark, M. / Radhakrishnan, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015 タイトル: Structural insights into the assembly of the histone deacetylase-associated Sin3L/Rpd3L corepressor complex. 著者: Clark, M.D. / Marcum, R. / Graveline, R. / Chan, C.W. / Xie, T. / Chen, Z. / Ding, Y. / Zhang, Y. / Mondragon, A. / David, G. / Radhakrishnan, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2n2h.cif.gz | 975.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2n2h.ent.gz | 819 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2n2h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/2n2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/2n2h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3125.531 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 205-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Suds3, Sds3 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8BR65 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14698.822 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 608-729 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sin3a, Kiaa4126 / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60520 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.12 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Agilent DD2 / 製造業者: Agilent / モデル: DD2 / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |