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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kqg | |||||||||||||||||||||||
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タイトル | A G-rich sequence within the c-kit oncogene promoter forms a parallel G-quadruplex having asymmetric G-tetrad dynamics | |||||||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / c-kit2 / oncogene (がん遺伝子) / promoter / G-quadruplex (グアニン四重鎖) | 機能・相同性 | : / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics | Model details | lowest energy, model 1 | データ登録者 | Hsu, S.-T.D. / Varnai, P. / Bugaut, A. / Reszka, A.P. / Neidle, S. / Balasubramanian, S. | 引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009 タイトル: A G-rich sequence within the c-kit oncogene promoter forms a parallel G-quadruplex having asymmetric G-tetrad dynamics 著者: Hsu, S.-T.D. / Varnai, P. / Bugaut, A. / Reszka, A.P. / Neidle, S. / Balasubramanian, S. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: A conserved quadruplex motif located in a transcription activation site of the human c-kit oncogene 著者: Fernando, H. / Reszka, A.P. / Huppert, J. / Ladame, S. / Rankin, S. / Venkitaraman, A.R. / Neidle, S. / Balasubramanian, S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2kqg.cif.gz | 136.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2kqg.ent.gz | 115.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2kqg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/2kqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/2kqg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6635.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 200 micro-M DNA; 10mM potassium phosphate; 93% H2O/7% D2O 溶媒系: 93% H2O/7% D2O | |||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 10 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 700 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: Explicit water refinement including potassium ions within the G-tetrads. | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1 |