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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kiu
タイトルSolution structure and backbone dynamics of the DNA-binding domain of FOXP1: Insight into its domain swapping
要素Forkhead box protein P1フォークヘッドボックスタンパク質
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Solution structure of the monomeric FOXP1 / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Repressor (リプレッサー) / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation / Zinc-finger (ジンクフィンガー)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of macrophage colony-stimulating factor production / interleukin-21 production / regulation of monocyte differentiation / regulation of defense response to bacterium / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / monocyte activation / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / T follicular helper cell differentiation / regulation of interleukin-1 beta production / regulation of endothelial tube morphogenesis ...regulation of macrophage colony-stimulating factor production / interleukin-21 production / regulation of monocyte differentiation / regulation of defense response to bacterium / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / monocyte activation / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / T follicular helper cell differentiation / regulation of interleukin-1 beta production / regulation of endothelial tube morphogenesis / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / chromatin => GO:0000785 / マクロファージ / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of interleukin-12 production / negative regulation of B cell apoptotic process / endothelial cell activation / osteoclast development / nuclear androgen receptor binding / somatic stem cell population maintenance / core promoter sequence-specific DNA binding / osteoclast differentiation / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / : / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / 遺伝子発現の調節 / response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
FOXP, coiled-coil domain / FOXP coiled-coil domain / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / フォークヘッドボックスタンパク質 / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...FOXP, coiled-coil domain / FOXP coiled-coil domain / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / フォークヘッドボックスタンパク質 / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Forkhead box protein P1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Chuang, W. / Chu, Y.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Solution structure and backbone dynamics of the DNA-binding domain of FOXP1: Insight into its domain swapping and DNA binding.
著者: Chu, Y.P. / Chang, C.H. / Shiu, J.H. / Chang, Y.T. / Chen, C.Y. / Chuang, W.J.
履歴
登録2009年5月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Forkhead box protein P1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5441
ポリマ－10,5441
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Forkhead box protein P1 / フォークヘッドボックスタンパク質 / FOXP1


分子量: 10544.104 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA binding domain (UNP residues 462-548) / 変異: A39P, C61Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: 3p14.1, FOXP1, HSPC215 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H334

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution structure of the forkhead DNA-binding domain of FOXP1 A39P/C61Y mutant
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H COSY
1212D 1H-1H NOESY
1312D 1H-1H TOCSY
1412D 1H-15N HSQC
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D C(CO)NH

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試料調製

詳細内容: 0.7-2.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] The DNA-binding domain of FOXP1-1, 20 mM phosphate buffer, 50 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 50 mM Arg+Glu
溶媒系: 20 mM phosphate buffer, 50 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 50 mM Arg+Glu
試料単位: mM / 構成要素: The DNA-binding domain of FOXP1-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N] / Conc. range: 0.7-2.5
試料状態イオン強度: 0.245 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.185 / 開発者: Brunger / 分類: 精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures were calculated using a total of 1323 restraints, includng 1248 noe-derived distance constraints, 75 dihedral angle restraints, 34 hydrogen bond distance restraints, X-plor
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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