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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ipc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the translocation ATPase SecA from Thermus thermophilus reveals a parallel, head-to-head dimer | ||||||
要素 | Preprotein translocase SecA subunit | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / nucleotide binding fold / ATPase (ATPアーゼ) / parallel dimer / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular protein transmembrane transport / protein import / protein targeting / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Vassylyev, D.G. / Mori, H. / Vassylyeva, M.N. / Tsukazaki, T. / Kimura, Y. / Tahirov, T.H. / Ito, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: Crystal Structure of the Translocation ATPase SecA from Thermus thermophilus Reveals a Parallel, Head-to-Head Dimer. 著者: Vassylyev, D.G. / Mori, H. / Vassylyeva, M.N. / Tsukazaki, T. / Kimura, Y. / Tahirov, T.H. / Ito, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ipc.cif.gz | 766.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ipc.ent.gz | 628.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ipc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/2ipc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/2ipc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 114132.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: SecA / プラスミド: pHM451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SIW3 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 9% PEG4000, 60mM lithium sulfate, 0.2M NaCl, 87.5 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月15日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 117271 / Num. obs: 114222 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 17.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 10542 / Rsym value: 0.409 / % possible all: 92.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→40 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The perfect merohedral twinning (twinning fraction = 0.5) was detected with twinning operator {+h,-h-k,-l}. The refinement was carried out against twinned data using the twinning option of the CNS program.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 59.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å
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