PDB-2iey: Crystal Structure of mouse Rab27b bound to GDP in hexagonal space...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2iey

タイトル

Crystal Structure of mouse Rab27b bound to GDP in hexagonal space group

要素

Ras-related protein Rab-27B

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Rab27 / GTPase / Rab / GDP / swapping

機能・相同性

機能・相同性情報

RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / zymogen granule membrane / anterograde axonal protein transport / Platelet degranulation / exocytic vesicle / regulation of exocytosis / multivesicular body sorting pathway / myosin V binding / trans-Golgi network transport vesicle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.18 Å

データ登録者

Chavas, L.M.G. / Torii, S. / Kamikubo, H. / Kawasaki, M. / Ihara, K. / Kato, R. / Kataoka, M. / Izumi, T. / Wakatsuki, S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Structure of the small GTPase Rab27b shows an unexpected swapped dimer
著者: Chavas, L.M.G. / Torii, S. / Kamikubo, H. / Kawasaki, M. / Ihara, K. / Kato, R. / Kataoka, M. / Izumi, T. / Wakatsuki, S.

履歴

登録	2006年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2012年4月11日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2iey.cif.gz	77.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2iey.ent.gz	62.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2iey.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2iey_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2iey_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2iey_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	2iey_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/2iey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/2iey	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iezC 2if0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5un6-3 4wfc-1 3qrr-3 2if0-1 3uv9-d 2if0-2 6aky-d 6kn5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ras-related protein Rab-27B

B: Ras-related protein Rab-27B

ヘテロ分子

45.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ras-related protein Rab-27B

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ras-related protein Rab-27B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Ras-related protein Rab-27B

B: Ras-related protein Rab-27B

ヘテロ分子

A: Ras-related protein Rab-27B

B: Ras-related protein Rab-27B

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
91.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.061, 66.061, 379.988
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

詳細

The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chain A and chain B)

#1: タンパク質	Ras-related protein Rab-27B 分子量: 22495.502 Da / 分子数: 2 / 断片: soluble domain / 変異: Q78L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q99P58, small monomeric GTPase
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: PEG 10000, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: ADSC QUAMTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月22日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.18→63.37 Å / Num. obs: 9142 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 15.8 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Χ²: 2.03
反射シェル	解像度: 3.18→3.31 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.7 % / R_merge(I) obs: 0.693 / Num. measured obs: 1554 / Num. unique all: 1554 / Χ²: 1.645 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.04	0.249	0.03	0.517
2	Se	60	0.432	0.205	0.035	0.738
3	Se	60	0.829	0.501	0.081	0.432
4	Se	60	0.834	0.596	0.071	0.456
5	Se	60	0.45	0.016	0.053	0.481
6	Se	60	0.816	0.638	0.075	0.463
7	Se	60	0.302	0.618	0.028	0.366
8	Se	1	0.003	0.363	0.001	0.054
9	Se	60	0.137	0.579	0.022	0.248

Phasing dm

FOM : 0.69 / FOM acentric: 0.71 / FOM centric: 0.66 / 反射: 8389 / Reflection acentric: 6062 / Reflection centric: 2327

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
9.1-36.544	0.92	0.96	0.9	458	177	281
5.7-9.1	0.84	0.89	0.76	1251	770	481
4.6-5.7	0.83	0.87	0.73	1465	1023	442
4-4.6	0.78	0.82	0.66	1445	1079	366
3.4-4	0.62	0.64	0.54	2386	1884	502
3.2-3.4	0.38	0.4	0.33	1384	1129	255

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.05	位相決定
RESOLVE	2.05	位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.18→36.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.885 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.842 / SU B: 34.386 / SU ML: 0.562 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.632 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3455	430	4.8 %	RANDOM
R_work	0.28878	-	-	-
obs	0.29152	8610	99.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.356 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.84 Å²	1.42 Å²	0 Å²
2-	-	2.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.18→36.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2671	0	56	11	2738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.181	1.984	3762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.861	3	4572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.86	5	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.864	23.957	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.267	15	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.338	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	604
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	2065
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	1535
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.285	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.283	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.079	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.541	1.5	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.063	1.5	662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.666	2	2607
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.786	3	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.107	4.5	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.183→3.265 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.539	32	-
R_work	0.374	570	-
all	-	570	-
obs	-	-	95.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9191	-0.2505	3.2435	7.9377	0.7861	11.801	0.1294	0.1345	0.2867	-0.3808	0.152	-1.0358	-0.4919	0.0282	-0.2814	-0.7709	-0.1081	0.2213	-0.1671	-0.4579	-0.4854	21.7267	-6.5438	-15.9995
2	2.0217	0.3865	2.9677	4.0779	4.9006	9.0459	-0.5943	-0.7465	-0.9018	0.9104	-0.1003	0.8916	0.5957	-2.3291	0.6946	-0.35	-0.0931	0.0577	0.9016	-0.4526	-0.1198	61.8546	-15.2773	-6.4588

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	11 - 30	13 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	94 - 185	96 - 187
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	11 - 30	13 - 32
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	94 - 184	96 - 186

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