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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2iey | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of mouse Rab27b bound to GDP in hexagonal space group | ||||||
要素 | Ras-related protein Rab-27B | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Rab27 / GTPase / Rab / GDP / swapping | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / zymogen granule membrane / anterograde axonal protein transport / Platelet degranulation / exocytic vesicle / regulation of exocytosis / multivesicular body sorting pathway / myosin V binding / trans-Golgi network transport vesicle ...RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / zymogen granule membrane / anterograde axonal protein transport / Platelet degranulation / exocytic vesicle / regulation of exocytosis / multivesicular body sorting pathway / myosin V binding / trans-Golgi network transport vesicle / multivesicular body membrane / Golgi stack / exocytosis / positive regulation of exocytosis / synaptic vesicle endocytosis / axon cytoplasm / small monomeric GTPase / G protein activity / secretory granule / synaptic vesicle membrane / GDP binding / melanosome / late endosome / apical plasma membrane / protein domain specific binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.18 Å | ||||||
データ登録者 | Chavas, L.M.G. / Torii, S. / Kamikubo, H. / Kawasaki, M. / Ihara, K. / Kato, R. / Kataoka, M. / Izumi, T. / Wakatsuki, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007 タイトル: Structure of the small GTPase Rab27b shows an unexpected swapped dimer 著者: Chavas, L.M.G. / Torii, S. / Kamikubo, H. / Kawasaki, M. / Ihara, K. / Kato, R. / Kataoka, M. / Izumi, T. / Wakatsuki, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2iey.cif.gz | 77.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2iey.ent.gz | 62.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2iey.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2iey_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2iey_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2iey_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2iey_validation.cif.gz | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/2iey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/2iey | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chain A and chain B) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22495.502 Da / 分子数: 2 / 断片: soluble domain / 変異: Q78L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q99P58, small monomeric GTPase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: PEG 10000, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUAMTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.18→63.37 Å / Num. obs: 9142 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 15.8 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Χ2: 2.03 |
反射 シェル | 解像度: 3.18→3.31 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.7 % / Rmerge(I) obs: 0.693 / Num. measured obs: 1554 / Num. unique all: 1554 / Χ2: 1.645 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.69 / FOM acentric: 0.71 / FOM centric: 0.66 / 反射: 8389 / Reflection acentric: 6062 / Reflection centric: 2327 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.18→36.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU B: 34.386 / SU ML: 0.562 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.632 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.356 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.18→36.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.183→3.265 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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