PDB-2ie2: The 1.7 A crystal structure of Dronpa: a photoswitchable green fl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ie2

タイトル

The 1.7 A crystal structure of Dronpa: a photoswitchable green fluorescent protein

要素

Fluorescent protein Dronpa

蛍光

キーワード

LUMINESCENT PROTEIN (生物発光) /

BETA BARREL (Βバレル)

機能・相同性

機能・相同性情報

生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / identical protein binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Rossjohn, J. / Wilmann, P.G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The 1.7 A Crystal Structure of Dronpa: A Photoswitchable Green Fluorescent Protein
著者: Wilmann, P.G. / Turcic, K. / Battad, J.M. / Wilce, M.C.J. / Devenish, R.J. / Prescott, M. / Rossjohn, J.

履歴

登録	2006年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ie2.cif.gz	271.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ie2.ent.gz	219.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ie2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/2ie2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/2ie2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xssS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vic-2 4hq8-1 4izn-3 4ppk-d 4dxq-1 3tmr-d 2h8q-1 1mov-1 3cgl-1 1zgo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fluorescent protein Dronpa

B: Fluorescent protein Dronpa

C: Fluorescent protein Dronpa

D: Fluorescent protein Dronpa

E: Fluorescent protein Dronpa

F: Fluorescent protein Dronpa

153 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fluorescent protein Dronpa

B: Fluorescent protein Dronpa

A: Fluorescent protein Dronpa

B: Fluorescent protein Dronpa

登録者が定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Fluorescent protein Dronpa

D: Fluorescent protein Dronpa

E: Fluorescent protein Dronpa

F: Fluorescent protein Dronpa

登録者が定義した集合体
102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.140, 175.499, 67.441
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-327- HOH
2	1	B-352- HOH
3	1	D-303- HOH

#1: タンパク質	Fluorescent protein Dronpa / 蛍光分子量: 25497.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物) 遺伝子: Dronpa / プラスミド: pQE10N / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 739 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES CYS 62, TYR 63 AND GLY 64 AUTOCATALYTICALLY FORM THE CHROMOPHORE GYC LABELLED AS RESIDUE ...RESIDUES CYS 62, TYR 63 AND GLY 64 AUTOCATALYTICALLY FORM THE CHROMOPHORE GYC LABELLED AS RESIDUE 62 IN THE COORDINATES.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 23% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.1M Magnesium Chloride, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.7→89.09 Å / Num. obs: 129416 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 1.704→1.748 Å / R_merge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / R_sym value: 0.573 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XSS

1xss

解像度: 1.7→89.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 2.119 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22093	6503	5 %	RANDOM
R_work	0.19808	-	-	-
obs	0.19922	122748	96.34 %	-
all	-	129416	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.289 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→89.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10295	0	0	739	11034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	10583
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.945	1.959	14282
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.761	5	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.706	24.386	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.589	15	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.892	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	8196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.165	0.2	4557
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	7057
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.078	0.2	809
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.128	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.086	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.662	3	6560
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.138	5	10178
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.801	7	4685
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.707	10	4104
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.704→1.748 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	489	-
R_work	0.239	8903	-
obs	-	-	95.57 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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