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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2i2l | ||||||
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タイトル | X-ray Crystal Structure of Protein yopX from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics Consortium Target SR411. | ||||||
要素 | YopX protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / NESG / SR411 / yopX / O34401 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Complement Module; domain 1 - #50 / YopX protein / YopX protein / Complement Module; domain 1 / SH3 type barrels. - #100 / SH3 type barrels. / リボン / Roll / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Vorobiev, S.M. / Zhou, W. / Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Kuzin, A.A. / Ho, C.K. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. ...Vorobiev, S.M. / Zhou, W. / Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Kuzin, A.A. / Ho, C.K. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the hypothetical protein yopX from Bacillus subtilis 著者: Vorobiev, S.M. / Zhou, W. / Seetharaman, J. / Forouhar, F. / Kuzin, A.A. / Ho, C.K. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2i2l.cif.gz | 86.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2i2l.ent.gz | 70.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2i2l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/2i2l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16420.863 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: yopX / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: O34401 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.51 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M Sodium acetate, 0.2M Sodium thiocyanate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97911, 0.97944, 0.96798 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月8日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 23997 / Num. obs: 23973 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→28.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 214814.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The Friedel pairs were used for phasing
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28.3194 Å2 / ksol: 0.255885 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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