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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hxh | ||||||
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タイトル | KIF1A head-microtubule complex structure in adp-form | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / microtubule-based motor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anterograde synaptic vesicle transport / protein transport along microtubule / interkinetic nuclear migration / neuronal dense core vesicle membrane / dense core granule cytoskeletal transport / Kinesins / anterograde neuronal dense core vesicle transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / regulation of dendritic spine development ...anterograde synaptic vesicle transport / protein transport along microtubule / interkinetic nuclear migration / neuronal dense core vesicle membrane / dense core granule cytoskeletal transport / Kinesins / anterograde neuronal dense core vesicle transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / regulation of dendritic spine development / cytoskeleton-dependent intracellular transport / regulation of dendritic spine morphogenesis / anterograde axonal transport / plus-end-directed microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / neuronal dense core vesicle / vesicle-mediated transport / axon cytoplasm / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / synaptic vesicle / presynapse / mitotic cell cycle / microtubule binding / postsynapse / microtubule / hydrolase activity / neuron projection / axon / GTPase activity / neuronal cell body / dendrite / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11 Å | ||||||
データ登録者 | Kikkawa, M. / Hirokawa, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2006 タイトル: High-resolution cryo-EM maps show the nucleotide binding pocket of KIF1A in open and closed conformations. 著者: Masahide Kikkawa / Nobutaka Hirokawa / 要旨: Kinesin is an ATP-driven microtubule (MT)-based motor fundamental to organelle transport. Although a number of kinesin crystal structures have been solved, the structural evidence for coupling ...Kinesin is an ATP-driven microtubule (MT)-based motor fundamental to organelle transport. Although a number of kinesin crystal structures have been solved, the structural evidence for coupling between the bound nucleotide and the conformation of kinesin is elusive. In addition, the structural basis of the MT-induced ATPase activity of kinesin is not clear because of the absence of the MT in the structure. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the monomeric kinesin KIF1A-MT complex in two nucleotide states at about 10 A resolution, sufficient to reveal the secondary structure. These high-resolution maps visualized clear structural changes that suggest a mechanical pathway from the nucleotide to the neck linker via the motor core rotation. In addition, new nucleotide binding pocket conformations are observed that are different from X-ray crystallographic structures; it is closed in the 5'-adenylyl-imidodiphosphate state, but open in the ADP state. These results suggest a structural model of biased diffusion movement of monomeric kinesin motor. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hxh.cif.gz | 252.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hxh.ent.gz | 194.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hxh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2hxh_validation.pdf.gz | 697.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2hxh_full_validation.pdf.gz | 817.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2hxh_validation.xml.gz | 41.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2hxh_validation.cif.gz | 58.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/2hxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/2hxh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 50121.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02550 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49907.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02554 |
#3: タンパク質 | 分子量: 44302.855 Da / 分子数: 1 / Fragment: KIF1A head domain / Mutation: P202A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: KIF1A / プラスミド: PET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33173 |
-非ポリマー , 5種, 6分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GTP / | #6: 化合物 | ChemComp-GDP / | #7: 化合物 | ChemComp-TA1 / | #8: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: KIF1A head decorated-microtubule complex / タイプ: COMPLEX 詳細: SAMPLE DETAILS: TUBULIN WAS POLYMERIZED IN PEM BUFFER (PIPES 100 MM, PH 6.8, EGTA 1 MM, MGCL2, GTP 1MM, PACLITAXEL 10 MICRO M, 5% DMSO ) FOR 2 HRS AT 37C. A DROP OF THE POLYMERIZED ...詳細: SAMPLE DETAILS: TUBULIN WAS POLYMERIZED IN PEM BUFFER (PIPES 100 MM, PH 6.8, EGTA 1 MM, MGCL2, GTP 1MM, PACLITAXEL 10 MICRO M, 5% DMSO ) FOR 2 HRS AT 37C. A DROP OF THE POLYMERIZED MICROTUBULE WAS PLACED ON THE HOLEY CARBON FILM ON THE EM-GRID AND LEFT FOR 10 S IN THE HUMID CHAMBER. THE MICROTUBULE SOLUTION WAS THEN ABSORBED BY FILTER PAPER, AND A DROP OF THE C351 SOLUTION (0.2 MG/ML) IN THE ASSAY BUFFER (IMIDAZOLE 50 MM, MG-ACETATE 5 MM, EGTA 1 MM, K-ACETATE 50 MM, DTT 10 MM, PACLITAXEL 10 MICRO M) WAS PUT ON THE GRID. IMMEDIATELY AFTER THE ABSORPTION OF THE DROP, THE GRID WAS PLUNGED INTO LIQUID ETHANE (-185C). |
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緩衝液 | 名称: imidazole / pH: 7.4 / 詳細: imidazole |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 詳細: Ethan slash |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 2010F / 日付: 1999年1月1日 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 40000 X / 倍率(補正後): 40000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 33000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 11000 nm / Cs: 3.3 mm |
試料ホルダ | 温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 10 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / 詳細: Scanned with LeafScan45 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: each filament | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Helical / 解像度: 11 Å / ピクセルサイズ(公称値): 2.5 Å / ピクセルサイズ(実測値): 2.5 Å / 倍率補正: Yes / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Best cross-correlation / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body refinement | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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