PDB-2ht7: N8 neuraminidase in open complex with oseltamivir

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ht7

タイトル

N8 neuraminidase in open complex with oseltamivir

要素

Neuraminidase

ノイラミニダーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / N8 /

neuraminidase (ノイラミニダーゼ) /

oseltamivir (オセルタミビル)

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity /

ノイラミニダーゼ /

viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane /

生体膜 /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Russell, R.J. / Haire, L.F. / Stevens, D.J. / Collins, P.J. / Lin, Y.P. / Blackburn, G.M. / Hay, A.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: The structure of H5N1 avian influenza neuraminidase suggests new opportunities for drug design.
著者: Russell, R.J. / Haire, L.F. / Stevens, D.J. / Collins, P.J. / Lin, Y.P. / Blackburn, G.M. / Hay, A.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.

履歴

登録	2006年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ht7.cif.gz	82.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ht7.ent.gz	66.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ht7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/2ht7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/2ht7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ht5C 2ht8C 2htqC 2htrC 2htuC 2htvC 2htwC 2htyC 2hu0C 2hu4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ks1-1 3o9j-1 4ks2-1 4wa4-1 2hty-1 4d8s-1 3cl2-1 4mju-1 3ti3-1 2htq-1 4ks3-1 3cl2-2 5hun-1 4m3m-1 4ks5-1 2htr-1 2htv-1 4wa5-1 3ckz-1 2hu0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (6) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

43.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

A: Neuraminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
174 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.580, 90.580, 110.786
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Neuraminidase / ノイラミニダーゼ分子量: 43157.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 参照: UniProt: Q07599, ノイラミニダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-G39 / (3R,4R,5S)-4-(acetylamino)-5-amino-3-(pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1-carboxylic acid / Oseltamivir carboxylate / オセルタミビルカルボキシラ-ト / オセルタミビル分子量: 284.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₄N₂O₄ / コメント: 薬剤, 抗ウイルス剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Imidazole, MPD, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 13800 / Num. obs: 13732 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_sym value: 0.147 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
CNS	1.1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.286	684	Random
R_work	0.229	-	-
all	0.229	13800	-
obs	0.229	13732	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2998	0	20	0	3018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.53
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_deg	0.008

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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