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- PDB-2hoh: RIBONUCLEASE T1 (N9A MUTANT) COMPLEXED WITH 2'GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hoh
タイトルRIBONUCLEASE T1 (N9A MUTANT) COMPLEXED WITH 2'GMP
要素PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ENDORIBONUCLEASE / RIBONUCLEASE (リボヌクレアーゼ) / ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / リボヌクレアーゼ / Microbial ribonucleases / Ribonuclease/ribotoxin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / リン酸塩 / Guanyl-specific ribonuclease T1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Langhorst, U. / Loris, R. / Denisov, V.P. / Doumen, J. / Roose, P. / Maes, D. / Halle, B. / Steyaert, J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Dissection of the structural and functional role of a conserved hydration site in RNase T1.
著者: Langhorst, U. / Loris, R. / Denisov, V.P. / Doumen, J. / Roose, P. / Maes, D. / Halle, B. / Steyaert, J.
履歴
登録1998年9月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
B: PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
C: PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
D: PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,22113
ポリマ－44,2074
非ポリマー2,0149
水3,801211
1
A: PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4152
ポリマ－11,0521
非ポリマー3631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5334
ポリマ－11,0521
非ポリマー4813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8184
ポリマ－11,0521
非ポリマー7673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PROTEIN (RIBONUCLEASE T1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4553
ポリマ－11,0521
非ポリマー4032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.370, 60.560, 101.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.122589, -0.814916, -0.566466), (0.861869, -0.370421, 0.346368), (0.492091, -0.445758, 0.74776)54.31885, 63.69774, -10.60282
2given(0.563091, 0.815358, 0.134611), (-0.430631, 0.428531, -0.794303), (-0.705326, 0.389297, 0.592421)55.91476, -57.56683, 57.5301
3given(-0.013481, 0.860923, 0.508558), (-0.891036, 0.220448, -0.396809), (-0.453733, -0.458492, 0.764141)82.45089, 0.83091, 35.26741

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
PROTEIN (RIBONUCLEASE T1) / RNASE T1


分子量: 11051.670 Da / 分子数: 4 / 変異: N9A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH GUANOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6 / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3

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非ポリマー , 5種, 220分子

#2: 化合物
ChemComp-2GP / GUANOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / 2′-GMP / グアニル酸


分子量: 363.221 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.19 %
結晶化pH: 4.2 / 詳細: 25 MM NAAC PH 4.2 6.25 MM CACL2 45.0 % MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日 / 詳細: DUAL SLITS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→15 Å / Num. obs: 28731 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 13.34
反射 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.38 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RGA

1rga


解像度: 1.9→15 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 2286 8 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.168 28731 98 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3116 120 2 212 3450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.265
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.18
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.019
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 250 8.3 %
Rwork0.245 3000 -
obs--93 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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