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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hml | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Naphthalene 1,2-Dioxygenase F352V Mutant Bound to Phenanthrene. | ||||||
要素 | (Naphthalene 1,2-dioxygenase ...ナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ) x 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Protein (タンパク質) / Rieske Oxygenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ / naphthalene 1,2-dioxygenase activity / : / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas sp. (シュードモナス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / RIGID BODY REFINEMENT / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ferraro, D.J. / Okerlund, A.L. / Mowers, J.C. / Ramaswamy, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006 タイトル: Structural basis for regioselectivity and stereoselectivity of product formation by naphthalene 1,2-dioxygenase. 著者: Ferraro, D.J. / Okerlund, A.L. / Mowers, J.C. / Ramaswamy, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hml.cif.gz | 158.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hml.ent.gz | 121.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hml.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/2hml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/2hml | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is and alpha3 beta3 hexamer. One alpha-beta dimer is in the assymetric unit. The others can be generated by the three-fold axis: y, -x-y, z -x-y, x, z |
-要素
-Naphthalene 1,2-dioxygenase ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49616.312 Da / 分子数: 1 / 変異: F352V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (シュードモナス属) 遺伝子: doxB / プラスミド: pDTG121 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star 参照: UniProt: P0A111, ナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 22969.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (シュードモナス属) 遺伝子: doxD / プラスミド: pDTG121 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star 参照: UniProt: P0A113, ナフタレン-1,2-ジオキシゲナーゼ |
-非ポリマー , 6種, 575分子
#3: 化合物 | ChemComp-FE / | ||||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-FES / | #6: 化合物 | ChemComp-PEY / | #7: 化合物 | ChemComp-EDO / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.48 % |
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結晶化 | 温度: 279.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.9-2.2 M Ammonium Sulfate, 4-6% Dioxane, 0.1 M MES, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.04021 Å |
検出器 | タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月3日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.04021 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→17.97 Å / Num. all: 72381 / Num. obs: 72381 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.66 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 9.4 / Scaling rejects: 3407 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.64 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. measured all: 33610 / Num. unique all: 7201 / Χ2: 1.17 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: RIGID BODY REFINEMENT 開始モデル: 1O7H 解像度: 1.8→17.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.226 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.758 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→17.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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