PDB-2hff: Crystal structure of CB2 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2hff

タイトル

Crystal structure of CB2 Fab

要素

CB2 Fab, heavy chain
CB2 Fab, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

fab fragment / phage libraries / combinatorial selection

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Hymowitz, S.G.

引用

ジャーナル: Blood / 年: 2006
タイトル: Synthetic anti-BR3 antibodies that mimic BAFF binding and target both human and murine B cells.
著者: Lee, C.V. / Hymowitz, S.G. / Wallweber, H.J. / Gordon, N.C. / Billeci, K.L. / Tsai, S.P. / Compaan, D.M. / Yin, J. / Gong, Q. / Kelley, R.F. / Deforge, L.E. / Martin, F. / Starovasnik, M.A. / Fuh, G.

履歴

登録	2006年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2hff.cif.gz	172.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2hff.ent.gz	136.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2hff.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/2hff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/2hff	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hfgC 2hg9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dwi-4 6dwi-5 6c6x-2 6dwi-2 6o3k-d 4xcn-6 5tdn-2 6bhz-1 2fjf-3 6ute-3 2adi-d 3qeh-1 1mim-d 5ifa-d 3cfk-5 4s1d-4 5dmg-1 1jnn-d 4jzn-1 6obz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CB2 Fab, light chain

B: CB2 Fab, heavy chain

L: CB2 Fab, light chain

H: CB2 Fab, heavy chain

95.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CB2 Fab, light chain

B: CB2 Fab, heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

L: CB2 Fab, light chain

H: CB2 Fab, heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.710, 72.985, 89.919
Angle α, β, γ (deg.)	109.42, 100.96, 96.10
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

The crysatllographic assymmetric unit contains two biologically relevant assemblies composed of chains A,B and H,L respectively

#1: 抗体	CB2 Fab, light chain 分子量: 23293.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: protein selected by phage display / 細胞株 (発現宿主): 4B8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	CB2 Fab, heavy chain 分子量: 24426.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: protein selected by phage display / 細胞株 (発現宿主): 4B8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.21 %
結晶化	詳細: Crystals were grown in hanging drops with 1:1 ratio of protein to well solution consisting of 100 mM Hepes, pH 7.5, 20% PEG 10K, and then frozen in mother liquor with 25% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9804
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月12日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SAGITTALLY FOCUSED MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9804 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 63805 / Num. obs: 63805 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 6014 / R_sym value: 0.366 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: chains A,B from pdb 2HG9

2hg9

解像度: 1.95→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 7.739 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22079	6425	10.1 %	RANDOM
R_work	0.18907	-	-	-
all	0.19229	63790	-	-
obs	0.19229	57365	97.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.246 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.36 Å²	0.33 Å²	0 Å²
2-	-	0.1 Å²	0.57 Å²
3-	-	-	-1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6389	0	0	150	6539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	6535
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.192	1.952	8900
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.721	3	13408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.021	5	842
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.667	24.372	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.204	15	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.308	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	949
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	5289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	2994
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.233	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.419	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.616	2.5	5387
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.471	2.5	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.331	5	6835
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.462	2.5	2748
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.519	5	2065

LS精密化シェル

解像度: 1.95→1.99 Å / Total num. of bins used: 25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	324	-
R_work	0.233	2938	-
obs	-	2938	84.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2399	-0.6953	1.2377	2.6145	-2.0703	6.047	0.0222	0.1704	-0.0151	-0.171	-0.084	-0.0352	0.0855	0.1385	0.0618	-0.0448	-0.0065	-0.0032	-0.0907	0.0005	-0.1282	5.6325	-9.0664	-15.0378
2	1.1331	-0.0175	0.1744	4.9068	1.5132	3.9785	0.1058	0.0214	0.1288	-0.0449	0.0181	-0.166	-0.126	0.022	-0.124	-0.1524	0.035	0.0312	-0.1683	0.0189	0.0175	-4.704	21.9189	0.8153
3	1.103	0.2334	0.097	2.3107	0.3346	2.3675	-0.0335	0.0221	-0.0469	-0.2689	0.006	-0.03	0.0162	-0.0346	0.0275	-0.1914	0.008	0.0117	-0.1846	-0.0118	-0.1223	7.7129	-16.6993	6.088
4	2.7404	-1.1734	2.1125	2.833	-1.4562	3.5011	-0.015	-0.0384	-0.0276	0.0284	0.2355	0.3239	-0.0491	-0.1895	-0.2204	-0.1416	0.0163	0.03	-0.1571	0.0186	0.003	-11.7546	9.782	9.583
5	2.0718	-0.1807	0.3809	1.8007	-0.8969	5.5883	-0.1233	-0.2651	-0.0634	0.1986	0.0263	0.003	-0.0335	0.1448	0.097	0.0416	0.0409	0.0043	-0.0354	0.0516	-0.1193	-9.381	-32.4069	45.4477
6	2.8344	1.2488	-0.3572	9.6017	-5.5825	8.5364	0.3803	-0.7333	0.5947	1.3227	-0.0936	0.6253	-1.937	0.1934	-0.2868	0.5001	-0.1668	0.1479	0.3126	-0.2792	0.0398	0.6021	1.5534	54.6155
7	1.5164	-0.5327	-0.1534	3.277	-0.1377	2.2228	-0.0279	-0.0602	-0.0952	0.2165	-0.0939	-0.105	0.2027	0.1127	0.1218	-0.1812	-0.0224	-0.007	-0.1155	0.0184	-0.1161	-11.2526	-23.6052	24.7486
8	2.72	-0.2193	1.9191	2.0267	-1.535	9.775	0.1234	-0.3692	0.3378	0.2762	-0.1526	0.039	-0.523	1.2129	0.0293	-0.0472	-0.1454	0.0019	0.1759	-0.0762	-0.0507	7.9358	-2.0092	40.1021

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 109	2 - 110
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	110 - 212	111 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 114	1 - 126
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	115 - 214	127 - 226
5	X-RAY DIFFRACTION	5	L	C	1 - 109	1 - 110
6	X-RAY DIFFRACTION	6	L	C	110 - 210	111 - 211
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	D	1 - 114	1 - 126
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	D	115 - 213	127 - 225

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