+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2had | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HALOALKANE DEHALOGENASE: AN ENZYME TO DETOXIFY HALOGENATED ALKANES | ||||||
要素 | HALOALKANE DEHALOGENASE | ||||||
キーワード | DEHALOGENASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1,2-dichloroethane catabolic process / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xanthobacter autotrophicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Verschueren, K.H.G. / Franken, S.M. / Dijkstra, B.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1991 タイトル: Crystal structure of haloalkane dehalogenase: an enzyme to detoxify halogenated alkanes. 著者: Franken, S.M. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988 タイトル: Crystallization of Haloalkane Dehalogenase from Xanthobacter Autotrophicus Gj10 著者: Rozeboom, H.J. / Kingma, J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2had.cif.gz | 77.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2had.ent.gz | 58.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2had.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/2had ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/2had | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Atom site foot note | 1: RESIDUES PRO 57 AND PRO 168 ARE CIS PROLINES. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35175.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア) 参照: UniProt: P22643 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.39 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 39 % | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.9→7 Å / Rfactor obs: 0.1684 | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→7 Å
| ||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 20296 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |