PDB-2h56: Crystal structure of DNA-3-methyladenine glycosidase (10174367) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h56

タイトル

Crystal structure of DNA-3-methyladenine glycosidase (10174367) from Bacillus halodurans at 2.55 A resolution

要素

DNA-3-methyladenine glycosidase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / 10174367 / DNA-3-methyladenine glycosidase / EC 3.2.2.- /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 /

Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on glycosyl bonds /

塩基除去修復
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of DNA-3-methyladenine glycosidase (10174367) from Bacillus halodurans at 2.55 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2h56.ent.gz	104.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h56.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/2h56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/2h56	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2abk-d 4dwn-d 1zv5-d 2y5c-d 4mu8-d 4l9f-1 1no5-5 4fh0-d 3ec3-1 1zzi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 358704

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: 358704

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA-3-methyladenine glycosidase

B: DNA-3-methyladenine glycosidase

C: DNA-3-methyladenine glycosidase

79.2 kDa, 3 ポリマー
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1

A: DNA-3-methyladenine glycosidase

登録者が定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DNA-3-methyladenine glycosidase

登録者が定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: DNA-3-methyladenine glycosidase

登録者が定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	141.752, 141.752, 85.949
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	A
5	1	B
6	1	C
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MSE	THR	A	A	1 - 35	13 - 47
2	1	1	MSE	THR	B	B	1 - 35	13 - 47
3	1	1	MSE	THR	C	C	1 - 35	13 - 47
4	2	1	THR	HIS	A	A	138 - 217	150 - 229
5	2	1	THR	HIS	B	B	138 - 217	150 - 229
6	2	1	THR	GLN	C	C	138 - 220	150 - 232
1	1	2	LYS	GLN	A	A	36 - 136	48 - 148
2	1	2	LYS	GLN	B	B	36 - 136	48 - 148

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	DNA-3-methyladenine glycosidase 分子量: 26415.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア) 遺伝子: 10174367 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9KC25, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 7.1 詳細: 0.2M NaF, 20.0% PEG-3350, No Buffer, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0163, 0.9798

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月10日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0163	1
2	0.9798	1

反射

解像度: 2.54→46.42 Å / Num. obs: 31756 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 6.49 % / B_iso Wilson estimate: 54.685 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 15.62

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.54-2.63	2	0.39	2	5582	2793	86.1
2.63-2.74	2	0.307	2.6	6275	3111	93.3
2.74-2.86	2.9	0.367	3.6	8681	2983	94.8
2.86-3.01	8.1	0.474	5.5	26092	3203	100
3.01-3.2	8.2	0.322	7.5	26906	3271	100
3.2-3.44	8.2	0.181	12.4	26028	3176	100
3.44-3.79	8.1	0.106	18.6	26807	3290	100
3.79-4.33	8.2	0.065	28	26449	3242	100
4.33-5.44	8.1	0.058	30.8	26459	3284	100
5.44-46.4	7.9	0.038	40.4	26908	3403	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
REFMAC	5.2.0019	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
XDS		データ削減
SHELX		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.55→46.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 19.51 / SU ML: 0.191 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.257
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THERE ARE THREE MONOMERS IN THE ASSYMMETRIC UNIT. CHAIN A AND B ARE VERY SIMILAR TO EACH OTHER. CHAIN C DIFFERS FROM A/B DUE TO INTER- ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	1606	5.1 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.198	31729	98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.814 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.61 Å²	0.81 Å²	0 Å²
2-	-	1.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→46.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4815	0	0	40	4855

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4911
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.418	1.953	6648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.93	3	7924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.808	5	631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.165	23.385	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.788	15	787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.676	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	748
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	3160
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.194	0.2	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.026	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.152	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.238	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.197	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.693	3	3223
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.367	3	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.885	5	4977
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.484	8	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.528	11	1671

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1453	LOOSE POSITIONAL	0.64	5
1	2	B	1453	LOOSE POSITIONAL	0.61	5
1	3	C	1453	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
1	1	A	1453	LOOSE THERMAL	3.46	10
1	2	B	1453	LOOSE THERMAL	2.68	10
1	3	C	1453	LOOSE THERMAL	3.54	10
2	1	A	1213	LOOSE POSITIONAL	0.44	5
2	1	A	1213	LOOSE THERMAL	2.78	10

LS精密化シェル

解像度: 2.545→2.611 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	119	-
R_work	0.306	2045	-
obs	-	2164	91.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1316	-2.0025	0.8348	6.1036	0.2097	3.7913	0.0781	-0.4822	-0.2207	0.2274	-0.1573	0.453	0.1806	-0.6436	0.0792	-0.4389	0.0264	-0.075	-0.1065	-0.0266	-0.2739	21.8206	34.6505	17.8407
2	4.914	0.6737	0.5237	2.0402	0.2856	3.6895	-0.1426	0.0744	0.2318	-0.0854	0.0889	-0.0227	0.2049	0.1875	0.0538	-0.331	0.1233	-0.0917	-0.3599	-0.0748	-0.2712	9.4419	41.1646	-6.144
3	2.4046	-0.122	-1.0639	10.468	5.5701	6.1484	0.1351	-0.0615	-0.0039	0.7735	0.394	-1.2611	0.677	0.2956	-0.5291	-0.2694	-0.0351	-0.1202	-0.2879	-0.1508	-0.1026	-6.948	55.092	17.438
4	2.1228	0.9008	2.2614	3.3581	2.8389	5.8668	0.1387	0.1494	-0.0709	0.1211	-0.1743	0.0327	0.4214	-0.1505	0.0356	-0.2119	-0.0307	-0.0004	-0.3315	0.0036	-0.3138	-7.5165	77.6512	35.3978
5	3.5976	0.0287	0.1165	4.4077	1.4915	5.2197	0.1865	0.1567	-0.0045	-0.5441	-0.0431	0.3351	-0.292	-0.2062	-0.1434	-0.2071	0.0878	0.0101	-0.2932	0.0286	-0.2448	9.9717	61.5029	61.0275
6	3.9203	-1.4376	-3.2842	3.4352	0.8023	11.0406	0.1761	0.0528	0.4338	0.1139	0.2567	-0.7855	-0.791	1.2574	-0.4329	0.1979	0.0283	-0.0479	0.171	-0.177	-0.032	23.4167	57.9875	38.8825

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	0 - 37	12 - 49
2	1	A	A	149 - 217	161 - 229
3	2	A	A	38 - 148	50 - 160
4	3	B	B	1 - 37	13 - 49
5	3	B	B	149 - 217	161 - 229
6	4	B	B	38 - 148	50 - 160
7	5	C	C	1 - 37	13 - 49
8	5	C	C	149 - 220	161 - 232
9	6	C	C	38 - 148	50 - 160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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