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- PDB-2h1h: E. coli heptosyltransferase WaaC with ADP-2-deoxy-2-fluoro heptose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h1h
タイトルE. coli heptosyltransferase WaaC with ADP-2-deoxy-2-fluoro heptose
要素Lipopolysaccharide heptosyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Gt-B fold / absence of C-terminal alpha-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-heptose-lipopolysaccharide heptosyltransferase activity / lipopolysaccharide heptosyltransferase activity / 転移酵素 / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide heptosyltransferase I / Glycosyl transferase, family 9 / Glycosyltransferase family 9 (heptosyltransferase) / Glycogen Phosphorylase B; / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-2-DEOXY-2-FLUORO HEPTOSE / Lipopolysaccharide heptosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Grizot, S. / Salem, M. / Vongsouthi, V. / Durand, L. / Moreau, F. / Dohi, H. / Vincent, S. / Escaich, S. / Ducruix, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structure of the Escherichia coli heptosyltransferase WaaC: binary complexes with ADP and ADP-2-deoxy-2-fluoro heptose.
著者: Grizot, S. / Salem, M. / Vongsouthi, V. / Durand, L. / Moreau, F. / Dohi, H. / Vincent, S. / Escaich, S. / Ducruix, A.
履歴
登録2006年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The difference in the sequence is due to the strain K1 (private strain) used in the study

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide heptosyltransferase 1
B: Lipopolysaccharide heptosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9344
ポリマ－74,6912
非ポリマー1,2432
水77543
1
A: Lipopolysaccharide heptosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9672
ポリマ－37,3461
非ポリマー6211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lipopolysaccharide heptosyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9672
ポリマ－37,3461
非ポリマー6211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.530, 88.900, 90.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide heptosyltransferase 1


分子量: 37345.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: RS218 / 遺伝子: rfaC, rfa-2, waaC / プラスミド: pET-30b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P24173, 転移酵素
#2: 化合物 ChemComp-AFH / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE-2-DEOXY-2-FLUORO HEPTOSE / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHYL (2S,3R,4S,5S,6R)-6-[(1S)-1,2-DIHYDROXYETHYL]-3-FLUORO-4,5-DIHYDROXYTETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YL DIHYDROGEN DIPHOSPHATE / アデノシン5′-[二りん酸P2-(2-フルオロ-2-デオキシ-α-L-glycero-D-glu(以下略)


分子量: 621.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H26FN5O15P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 15% PEG 1500, 100 mM Hepes, 100 mM NaCl, 1 mM ADP-2F-heptose, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月14日 / 詳細: curvated mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 25227 / Num. obs: 25116 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1645 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GT1

2gt1


解像度: 2.4→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1244 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all-25114 --
obs-25058 99.8 %-
溶媒の処理Bsol: 20.846 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 31.536 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.368 Å20 Å20 Å2
2--0.358 Å20 Å2
3----0.726 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5020 0 80 43 5143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.373
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.51 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.351 150
Rwork0.273 -
obs-3079
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3afh.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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