PDB-2gwj: SpvB ADP-ribosylated actin: hexagonal crystal form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gwj

タイトル

SpvB ADP-ribosylated actin: hexagonal crystal form

要素

Actin, alpha skeletal muscle

キーワード

CONTRACTILE PROTEIN /

actin (アクチン) /

ADP-ribosylation (ADPリボース化)

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoskeletal motor activator activity /

tropomyosin binding /

myosin heavy chain binding / mesenchyme migration /

troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / actin filament bundle assembly / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Stebbins, C.E. / Margarit, S.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: A steric antagonism of actin polymerization by a salmonella virulence protein.
著者: Margarit, S.M. / Davidson, W. / Frego, L. / Stebbins, C.E.

履歴

登録	2006年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gwj.cif.gz	92.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gwj.ent.gz	73.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gwj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/2gwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/2gwj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gwkC 2gwlC 2gwmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3m6g-3 3hbt-d 3eku-d 4k43-2 4k43-1 1nwk-d 4k41-d 4k42-2 1j6z-d 4k42-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (10) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (9) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Actin, alpha skeletal muscle

ヘテロ分子

41.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.361, 96.361, 97.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Actin, alpha skeletal muscle / / Alpha-actin-1 分子量: 41387.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P68135
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 %

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å

検出器

日付: 2004年10月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→99 Å / Num. obs: 57844 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Χ²: 1.044 / Net I/σ(I): 14.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.76	5.6	0.728	5708	1.015	1	100
1.76-1.83	5.6	0.525	5746	1	1	100
1.83-1.91	5.6	0.411	5694	1.086	1	100
1.91-2.02	5.6	0.244	5748	1.066	1	100
2.02-2.14	5.6	0.164	5753	1.078	1	100
2.14-2.31	5.6	0.116	5735	1.094	1	100
2.31-2.54	6.5	0.084	5794	1.014	1	100
2.54-2.91	11.2	0.081	5787	1.031	1	100
2.91-3.66	11.2	0.043	5836	1.054	1	100
3.66-99	10.8	0.025	6043	1.027	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→83.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 4.901 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.184	2041	5.1 %	RANDOM
R_work	0.152	-	-	-
all	0.153	-	-	-
obs	0.153	39922	95.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.119 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.82 Å²	0.41 Å²	0 Å²
2-	-	0.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→83.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2821	0	32	417	3270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.869	1.984	3955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.279	3	6138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.772	5	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32	23.952	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.159	15	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.059	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3187
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	657
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.081	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.31	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.228	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.269	1.5	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.363	1.5	732
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.846	2	2900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.386	3	1233
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.963	4.5	1055

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221	115	-
R_work	0.157	2511	-
obs	-	2626	86.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6624	0.2438	-0.1053	0.7568	-0.3325	2.0328	0.0603	0.0917	0.1663	0.0159	-0.0386	-0.1045	-0.3009	0.2081	-0.0218	-0.0028	-0.0409	0.0258	-0.1637	0.0054	-0.0845	54.301	16.575	41.448
2	2.1521	0.4051	0.3604	1.3196	0.365	2.0121	0.063	-0.1393	-0.1244	0.1443	-0.0327	-0.1476	0.0171	0.1442	-0.0304	-0.011	-0.0294	0.0042	-0.1778	0.0117	-0.1094	52.204	7.106	53.267
3	2.4292	0.5145	-1.5144	3.5234	-2.0751	7.3031	0.0128	-0.1709	-0.2552	0.1577	-0.0781	-0.1101	0.5145	-0.019	0.0652	-0.0142	-0.0427	-0.0115	-0.1749	-0.0068	-0.0981	40.02	-3.074	45.959
4	2.8884	0.7944	0.7218	1.8658	0.9442	4.5708	-0.1062	0.2779	0.3376	-0.2684	0.0342	0.1758	-0.6133	-0.1753	0.072	0.0518	0.0149	-0.0091	-0.07	0.0343	-0.0774	33.327	10.487	22.321
5	1.0536	0.1041	0.7321	1.0644	-0.1038	3.8199	0.1023	-0.0893	-0.0806	0.0367	-0.0097	0.1339	0.4156	-0.4551	-0.0926	-0.0191	-0.0699	0.013	-0.057	0.0068	-0.0644	31.087	-3.674	40.788
6	4.6304	-2.3975	2.888	1.6869	-1.1723	2.1148	-0.0255	-0.5885	-0.1779	0.388	0.0979	0.0033	-0.0888	-0.1147	-0.0724	0.0589	-0.0439	0.0132	-0.0616	0.0252	-0.0588	50.177	7.915	60.802
7	0.8389	1.1086	1.3665	2.3443	0.5023	4.1584	-0.126	0.0093	0.1793	-0.1145	0.0133	0.0373	-0.1753	-0.3185	0.1127	-0.0653	0.0048	0.0243	-0.1559	0.0073	-0.1427	40.463	10.496	36.417
8	1.5751	0.4854	0.7056	0.9171	0.2117	2.068	0.0016	0.0414	0.0342	-0.0218	0.0079	0.0106	-0.0422	-0.0965	-0.0096	0.0868	0.0101	0.0347	-0.0488	0.0007	0.0208	42.184	6.368	38.907

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	100 - 146
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	147 - 181
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	182 - 261
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	262 - 338
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	339 - 375
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	1380
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	1402 - 1818

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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