PDB-2gtv: NMR structure of monomeric chorismate mutase from Methanococcus j...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gtv

タイトル

NMR structure of monomeric chorismate mutase from Methanococcus jannaschii

要素

chorismate mutase

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) /

four-helix bundle (ヘリックスバンドル)

機能・相同性

機能・相同性情報

salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process /

chorismate mutase /

chorismate mutase activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

溶液NMR /

simulated annealing

データ登録者

Vogeli, B.R.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure and dynamics of a molten globular enzyme.
著者: Pervushin, K. / Vamvaca, K. / Vogeli, B. / Hilvert, D.

履歴

登録	2006年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gtv.cif.gz	388.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gtv.ent.gz	333.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gtv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/2gtv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/2gtv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6c4u-5 4or1-1 6c4u-6 2q3q-1 1a8v-2 5v6e-4 5y9g-1 5lpk-5 3zpv-6 5l9n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

X: chorismate mutase

ヘテロ分子

12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / -	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	random choice, due to similarity of all

#1: タンパク質	chorismate mutase / / E.C.5.4.99.5 / CM / Hypothetical protein MJ0246 分子量: 12512.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KA13 / 参照: UniProt: Q57696, chorismate mutase
#2: 化合物	ChemComp-TSA / 8-HYDROXY-2-OXA-BICYCLO[3.3.1]NON-6-ENE-3,5-DICARBOXYLIC ACID / (1R,5S)-2-オキサ-8β-ヒドロキシビシクロ[3.3.1]ノナ-6-エン-3α,5-ジカルボン酸分子量: 228.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂O₆

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	standard suite for NMR protein structure determination
1	2	2	standard suite for NMR protein structure determination

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.6mM U-15N,13C, 20mM sodium phosphate, 50mM NaCl	95% H20, 10% D20
2	0.05mM U-15N,13C, 20mM sodium phosphate, 50mM NaCl	95% H20, 10% D20

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	50mM NaCl	6.5	ambient	293 K
2	50mM NaCl	6.5	ambient	293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	900	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.1	bruker biospin ag	collection
X-PLOR	X-PLOR-NIH 2.9 4a	schwieters, kuszewski, tjandra, clore	構造決定
PROSA		guntert	解析
CARA	0.9.9	keller	データ解析
X-PLOR	X-PLOR-NIH 2.9 4a	schwieters, kuszewski, tjandra, clore	精密化

精密化

手法:

simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: random choice, due to similarity of all

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
登録したコンフォーマーの数: 10

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)