PDB-2gqw: Crystal structure of Ferredoxin reductase, BphA4 (oxidized form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gqw

タイトル

Crystal structure of Ferredoxin reductase, BphA4 (oxidized form)

要素

ferredoxin reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Flavoprotein (フラボタンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

flavin adenine dinucleotide binding /

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas sp. KKS102 (シュードモナス属)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Difference Fourier / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Senda, T. / Senda, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Molecular Mechanism of the Redox-dependent Interaction between NADH-dependent Ferredoxin Reductase and Rieske-type [2Fe-2S] Ferredoxin
著者: Senda, M. / Kishigami, S. / Kimura, S. / Fukuda, M. / Ishida, T. / Senda, T.

履歴

登録	2006年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月11日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gqw.cif.gz	101.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gqw.ent.gz	76.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/2gqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/2gqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e4pC 2e4qC 2gr0C 2yvfC 2yvgC 2yvjC 2gqy PDB 未公開エントリ 2gqz PDB 未公開エントリ 2gr1 2gr2 2gr3 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gr2-1 4h4u-1 4h4p-1 4h4y-1 2gr3-1 4h50-1 4h4v-1 4h4r-1 2gr0-1 2gr1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (3) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ferredoxin reductase

ヘテロ分子

44.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ferredoxin reductase

ヘテロ分子

A: ferredoxin reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
88.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.409, 98.409, 170.582
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	ferredoxin reductase / Ferredoxin reductase BphA4 分子量: 43221.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas sp. KKS102 (シュードモナス属) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: GenBank: 9929802, UniProt: Q52437*PLUS, フェレドキシン-NADP+レダクターゼ
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: 2M Sodium formate, 0.1M Sodium acetate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→15 Å / Num. all: 1342357 / Num. obs: 1342357 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22.8
反射シェル	解像度: 1.4→1.47 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
ADSC		データ収集
XDS		データスケーリング
XTALVIEW		精密化

精密化

構造決定の手法: Difference Fourier / 解像度: 1.4→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 1.567 / SU ML: 0.033 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.196	4814	5 %	RANDOM
R_work	0.17793	-	-	-
all	0.17882	91184	-	-
obs	0.17882	91184	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.972 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.29 Å²	-0.15 Å²	0 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2971	0	74	440	3485

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3140
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.352	1.997	4284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.329	5	412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.185	22.619	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.33	15	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.385	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.099	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.226	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.766	1.5	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.173	2	3226
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.893	3	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.871	4.5	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	358	-
R_work	0.209	6573	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5416	-0.251	0.1618	0.8035	0.2882	0.5247	-0.0207	-0.0512	0.0054	0.0451	0.0063	0.0462	0.0268	-0.0488	0.0144	-0.0106	0.0092	0.0117	-0.0451	-0.0063	-0.0232	53.8554	12.2205	11.9323
2	0.3841	0.2303	-0.2377	0.5746	-0.299	0.5114	-0.0276	0.0602	-0.0374	0.006	0.007	-0.0781	-0.0756	0.1526	0.0206	-0.0134	-0.0361	0.0119	0.0094	-0.0126	-0.0194	81.334	20.7242	4.9465
3	1.6371	-0.0951	-0.0487	2.0536	1.2714	2.722	-0.106	-0.263	0.0845	0.3552	-0.0351	-0.0211	0.0574	0.0322	0.1411	0.054	0.0128	-0.0311	-0.0216	-0.0147	-0.048	74.8002	19.546	32.7453
4	1.8455	0.6071	1.3306	0.5934	0.5841	1.0138	-0.0896	0.0383	0.0114	0.0033	0.0576	0.0237	-0.1066	0.0686	0.0321	0.0109	0.0109	0.0078	-0.0285	-0.0117	-0.0079	63.4115	12.9509	9.3267

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 111	6 - 111
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	238 - 317	238 - 317
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	112 - 237	112 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	318 - 406	318 - 406
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	B	1449	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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