PDB-2gf0: The crystal structure of the human DiRas1 GTPase in the inactive ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gf0

タイトル

The crystal structure of the human DiRas1 GTPase in the inactive GDP bound state

要素

GTP-binding protein Di-Ras1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / DIRAS / GDP/GTP binding / GTP hydrolysis /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

GDP binding /

GTPase activity / GTP binding /

シグナル伝達 /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Turnbull, A.P. / Papagrigoriou, E. / Yang, X. / Schoch, G. / Elkins, J. / Gileadi, O. / Salah, E. / Bray, J. / Wen-Hwa, L. / Fedorov, O. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the human DiRas1 GTPase in the inactive GDP bound state
著者: Turnbull, A.P. / Papagrigoriou, E. / Yang, X. / Schoch, G. / Elkins, J. / Gileadi, O. / Salah, E. / Bray, J. / Wen-Hwa, L. / Fedorov, O. / Niesen, F.E. / von Delft, F. / Weigelt, J. / ...

履歴

登録	2006年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gf0.cif.gz	167.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gf0.ent.gz	128.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gf0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/2gf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/2gf0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2erxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6p0j-d 3kkq-d 3e9c-1 2ew1-d 5usj-2 1n6h-d 4lhw-3 1g5r-d 1r2q-d 5o2d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: GTP-binding protein Di-Ras1

B: GTP-binding protein Di-Ras1

C: GTP-binding protein Di-Ras1

D: GTP-binding protein Di-Ras1

ヘテロ分子

91.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: GTP-binding protein Di-Ras1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: GTP-binding protein Di-Ras1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: GTP-binding protein Di-Ras1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: GTP-binding protein Di-Ras1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.053, 94.031, 61.214
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
1	2	B
2	2	C
3	2	D
4	2	B
5	2	C
6	2	D
7	2	B
8	2	C
9	2	D
1	3	C
2	3	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	ARG	ARG	5	B	B	7 - 170	8 - 171
2	1	1	ASP	ASP	ARG	ARG	5	A	A	7 - 170	8 - 171
1	1	2	ASP	ASP	GLY	GLY	5	B	B	7 - 30	8 - 31
2	1	2	ASP	ASP	GLY	GLY	5	C	C	7 - 30	8 - 31
3	1	2	ASP	ASP	GLY	GLY	5	D	D	7 - 30	8 - 31
4	2	2	THR	THR	ASP	ASP	5	B	B	43 - 61	44 - 62
5	2	2	THR	THR	ASP	ASP	5	C	C	43 - 61	44 - 62
6	2	2	THR	THR	ASP	ASP	5	D	D	43 - 61	44 - 62
7	3	2	ALA	ALA	ARG	ARG	5	B	B	70 - 170	71 - 171
8	3	2	ALA	ALA	ARG	ARG	5	C	C	70 - 170	71 - 171
9	3	2	ALA	ALA	ARG	ARG	5	D	D	70 - 170	71 - 171
1	1	3	GLY	GLY	ASP	ASP	1	C	C	30 - 42	31 - 43
2	1	3	GLY	GLY	ASP	ASP	1	D	D	30 - 42	31 - 43

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	GTP-binding protein Di-Ras1 / Distinct subgroup of the Ras family member 1 / Ras-related inhibitor of cell growth / Rig protein / ...Distinct subgroup of the Ras family member 1 / Ras-related inhibitor of cell growth / Rig protein / Small GTP-binding tumor suppressor 1 分子量: 22445.834 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DIRAS1, GBTS1, RIG / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)R3 / 参照: UniProt: O95057
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3.5 M Sodium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月4日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 55909 / Num. obs: 55909 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ERX

2erx

解像度: 1.9→47.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 5.94 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20781	1661	3 %	RANDOM
R_work	0.15987	-	-	-
all	0.16128	54127	-	-
obs	0.16128	54127	97.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.224 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	0.02 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5447	0	116	620	6183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	5666
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.398	1.986	7696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.922	3	9307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.763	5	708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.268	24.711	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.626	15	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.11	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	903
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	3983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2773
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.022	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.167	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.276	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.667	3	3765
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.794	3	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.204	5	5629
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.067	7	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.049	11	2055

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
3	1	C	163	tight positional	0.1	0.05
1	1	B	960	medium positional	0.04	0.5
2	1	B	843	medium positional	0.2	0.5
2	2	C	843	medium positional	0.11	0.5
2	3	D	843	medium positional	0.11	0.5
1	1	B	1147	loose positional	0.31	5
2	1	B	1007	loose positional	0.69	5
2	2	C	1007	loose positional	0.43	5
2	3	D	1007	loose positional	0.51	5
3	1	C	163	tight thermal	0.95	10
1	1	B	960	medium thermal	0.54	2
2	1	B	843	medium thermal	0.85	2
2	2	C	843	medium thermal	0.63	2
2	3	D	843	medium thermal	0.68	2
1	1	B	1147	loose thermal	1.24	10
2	1	B	1007	loose thermal	2.66	10
2	2	C	1007	loose thermal	1.89	10
2	3	D	1007	loose thermal	1.89	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	127	-
R_work	0.228	4010	-
obs	-	-	99.28 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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