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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gdg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of covalently modified macrophage inhibitory factor | ||||||
要素 | Macrophage migration inhibitory factor | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Pro-1 pucker | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / L-ドパクロムイソメラーゼ / positive regulation of adaptive immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding ...Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / L-ドパクロムイソメラーゼ / positive regulation of adaptive immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of mature B cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / carboxylic acid metabolic process / negative regulation of protein metabolic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / protein homotrimerization / positive regulation of protein kinase A signaling / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / Neutrophil degranulation / negative regulation of cell migration / cytokine activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of fibroblast proliferation / 細胞老化 / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of tumor necrosis factor production / 髄鞘 / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of cell population proliferation / protease binding / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 炎症 / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / 自然免疫系 / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / 細胞膜 / extracellular space / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Golubkov, P.A. / Hackert, M.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2006 タイトル: Inactivation of the phenylpyruvate tautomerase activity of macrophage migration inhibitory factor by 2-oxo-4-phenyl-3-butynoate. 著者: Golubkov, P.A. / Johnson Jr., W.H. / Czerwinski, R.M. / Person, M.D. / Wang, S.C. / Whitman, C.P. / Hackert, M.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gdg.cif.gz | 167.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gdg.ent.gz | 129.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gdg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/2gdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/2gdg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1mffS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a trimer of the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12383.024 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mif / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS 参照: UniProt: P34884, フェニルピルビン酸タウトメラーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.72 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% PEG 8000, 0.05M sodium phosphate buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.97935 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月23日 |
放射 | モノクロメーター: bent cylindrical Si-mirror (Rh coating); Si(111) double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97935 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 78970 / Num. obs: 76879 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1MFF 解像度: 1.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.017 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Ambiguous inhibitor density; inhibitor coordinates not included.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.15 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
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