+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gb7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Metal-depleted Ecl18kI in complex with uncleaved, modified DNA | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | hydrolase/DNA / ECL18KI-DNA COMPLEX / TYPE II RESTRICTION ENDONUCLEASE / NUCLEOTIDE FLIPPING / BASE EXTRUSION / hydrolase-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacter cloacae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Bochtler, M. / Szczepanowski, R.H. / Tamulaitis, G. / Grazulis, S. / Czapinska, H. / Manakova, E. / Siksnys, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2006 タイトル: Nucleotide flips determine the specificity of the Ecl18kI restriction endonuclease 著者: Bochtler, M. / Szczepanowski, R.H. / Tamulaitis, G. / Grazulis, S. / Czapinska, H. / Manakova, E. / Siksnys, V. #1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2002 タイトル: Alternative arrangements of catalytic residues at the active sites of restriction enzymes. 著者: Tamulaitis, G. / Solonin, A.S. / Siksnys, V. #2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1998 タイトル: The Ecl18kI restriction-modification system: cloning, expression, properties of the purified enzymes. 著者: Denjmukhametov, M.M. / Brevnov, M.G. / Zakharova, M.V. / Repyk, A.V. / Solonin, A.S. / Petrauskene, O.V. / Gromova, E.S. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 300 | BIOMOLECULE 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 ...BIOMOLECULE 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). UNDER PHYSIOLOGICAL CONDITIONS Ecl18KI ENDONUCLEASE EXISTS PREDOMINANTLY AS A DIMER (CHAINS AB OR CD), HOWEVER THERE IS SOME EVIDENCE THAT AT HIGH CONCENTRATIONS AND IN SOME CONDITIONS DIMERS MAY ASSOCIATE. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gb7.cif.gz | 290.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2gb7.ent.gz | 235.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gb7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2gb7_validation.pdf.gz | 474.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2gb7_full_validation.pdf.gz | 506.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2gb7_validation.xml.gz | 50.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2gb7_validation.cif.gz | 73 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/2gb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gb/2gb7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2741.800 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: DNA鎖 | 分子量: 2732.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: タンパク質 | 分子量: 35938.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: ecl18kIR / プラスミド: pUC129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: O87963 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 % 解説: Data for refinement were collected at 1.05 A. MAD data were collected on a bromide soaked crystal (1.05, 0.900, 0.9198, 0.9200) and on a crystal of the selenomethionine variant (0.9792, 0.9795) |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: 0.4M (NH4)H2PO4, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| |||||||||||||||||||||
検出器 |
| |||||||||||||||||||||
放射 |
| |||||||||||||||||||||
放射波長 |
| |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 158490 / Num. obs: 158490 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 31 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.72 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 5907 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 92.6 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.763 / SU ML: 0.078 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: TLS refinement used. The identity of nucleotide 0 (zero) in chains F and H is uncertain (currently assigned as T). See the details in the primary citation.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.1 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|