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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f6l | ||||||
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タイトル | X-ray structure of Chorismate Mutase from Mycobacterium Tuberculosis | ||||||
要素 | Chorismate mutase | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / helical / dimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 salicylic acid biosynthetic process / chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, S.K. / Howard, A.J. / Gilliland, G.L. / Reddy, P.T. / Ladner, J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006 タイトル: Biochemical and structural characterization of the secreted chorismate mutase (Rv1885c) from Mycobacterium tuberculosis H37Rv: an *AroQ enzyme not regulated by the aromatic amino acids. 著者: Kim, S.K. / Reddy, S.K. / Nelson, B.C. / Vasquez, G.B. / Davis, A. / Howard, A.J. / Patterson, S. / Gilliland, G.L. / Ladner, J.E. / Reddy, P.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2f6l.cif.gz | 85.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2f6l.ent.gz | 65.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2f6l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18495.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv1885c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O07746, UniProt: P9WIB9*PLUS, chorismate mutase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 % |
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結晶化 | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Reservoir solution: 0.10 M MES pH 6.5, 30% Polyethylene glycol 8K. Protein solution: 50mM Tris pH 7.5, 1mM EDTA, 1mM DTT, 200mM sodium chloride. Protein concentration was 8.3 mg/ml., VAPOR ...詳細: Reservoir solution: 0.10 M MES pH 6.5, 30% Polyethylene glycol 8K. Protein solution: 50mM Tris pH 7.5, 1mM EDTA, 1mM DTT, 200mM sodium chloride. Protein concentration was 8.3 mg/ml., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→23 Å / Num. obs: 40279 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.35 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.7 |
-位相決定
Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Partially refined structure of chorismate mutase from Yersinia pestis 解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.142 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.181 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.791 Å / Total num. of bins used: 10
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