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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f2f | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cytolethal distending toxin (CDT) from Actinobacillus actinomycetemcomitans | ||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN (毒素) / Cytolethal distending toxin / CDT / Actinobacillus actinomycetemcomitans / oligomerization (オリゴマー) / stability and toxic activity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aggregatibacter actinomycetemcomitans (アグリゲイティバクター・アクチノミセテムコミタンス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Yamada, T. / Komoto, J. / Saiki, K. / Konishi, K. / Takusagawa, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006 タイトル: Variation of loop sequence alters stability of cytolethal distending toxin (CDT): crystal structure of CDT from Actinobacillus actinomycetemcomitans 著者: Yamada, T. / Komoto, J. / Saiki, K. / Konishi, K. / Takusagawa, F. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE AUTHOR STATES THAT SEQUENCE IN THE PDB FILE IS CORRECT ON THE BASIS OF ELECTRON DENSITY ...SEQUENCE AUTHOR STATES THAT SEQUENCE IN THE PDB FILE IS CORRECT ON THE BASIS OF ELECTRON DENSITY MAPS AND THE OTHER CDT SEQUENCES. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2f2f.cif.gz | 232.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2f2f.ent.gz | 185.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2f2f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/2f2f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/2f2f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1sr4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | CDT is a heterotrimer, i.e., Subunit A, B, and C form a holotoxin, and Subunit D, E, and F form another holotoxin. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24532.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aggregatibacter actinomycetemcomitans (アグリゲイティバクター・アクチノミセテムコミタンス) 遺伝子: cdtA / プラスミド: A19-47CDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: O87120 #2: タンパク質 | 分子量: 31528.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aggregatibacter actinomycetemcomitans (アグリゲイティバクター・アクチノミセテムコミタンス) 遺伝子: cdtB / プラスミド: A19-47CDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q7DK12 #3: タンパク質 | 分子量: 20731.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aggregatibacter actinomycetemcomitans (アグリゲイティバクター・アクチノミセテムコミタンス) 遺伝子: cdtC / プラスミド: A19-47CDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q7DK11 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 50 mM MES, 10% MPD, 4% PEG-8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.08 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 66570 / Num. obs: 66570 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / % possible all: 88 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1SR4 解像度: 2.4→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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