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万見
- PDB-2es2: Crystal Structure Analysis of the Bacillus Subtilis Cold Shock Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2es2
タイトルCrystal Structure Analysis of the Bacillus Subtilis Cold Shock Protein Bs-CspB in Complex with Hexathymidine
要素
  • 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • Cold shock protein cspBCold shock response
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / BETA BARREL (Βバレル) / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / SINGLE-STRANDED DNA (デオキシリボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


核様体 / 遺伝子発現の調節 / nucleic acid binding / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cold shock, CspA / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...Cold shock, CspA / Cold-shock (CSD) domain / Cold-shock (CSD) domain signature. / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / Cold shock protein CspB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Max, K.E.A. / Bienert, M. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: T-rich DNA single strands bind to a preformed site on the bacterial cold shock protein Bs-CspB.
著者: Max, K.E. / Zeeb, M. / Bienert, R. / Balbach, J. / Heinemann, U.
履歴
登録2005年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: Cold shock protein cspB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2324
ポリマ－9,1522
非ポリマー802
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.030, 53.170, 76.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細In solution one to one complexes of CspB.dT6 are usually observed, therefore the content of the asymmetric unit is expected to be the biologically relevant unit.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3' / hexathymidine


分子量: 1780.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: dna synthesis
#2: タンパク質 Cold shock protein cspB / Cold shock response / Major cold shock protein


分子量: 7372.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: cspB, cspA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32081
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M calcium acetate 18% (w/v) PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator, Si-111 crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→19 Å / Num. all: 9870 / Num. obs: 9870 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 37.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 12.63
反射 シェル解像度: 1.78→2 Å / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Num. measured obs: 15114 / Num. unique all: 2830 / Num. unique obs: 2773 / Rsym value: 0.385 / % possible all: 96.3

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位相決定

Phasing MRRfactor: 45.9 / Cor.coef. Fo:Fc: 39.2 / Cor.coef. Io to Ic: 42.5
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å8 Å
Translation4 Å8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB-ENTRY 1CSP

1csp


解像度: 1.78→19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 6.502 / SU ML: 0.103 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC + TLS-REFINEMENT / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 473 4.8 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.19 9861 --
obs0.19 9861 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.563 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.72 Å20 Å20 Å2
2--4.58 Å20 Å2
3----2.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数511 101 2 63 677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022651
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8942.142903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08331226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.562566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.14126.20729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4121587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.103151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02116
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0950.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.247
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2070.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2550.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8462334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5632144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6423521
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0654.5378
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7196381
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.844 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数
Rfree0.314 53
Rwork0.272 876
all-929
obs-876
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.49950.5937-0.60112.57110.07917.36050.1117-0.34230.36570.04770.015-0.0403-0.23360.4825-0.1266-0.096-0.004-0.0031-0.2167-0.0191-0.03547.8876.9719.361
25.7388-6.69145.981514.772-1.183811.04520.13670.3780.2982-0.6877-0.3882-0.0255-0.5651-0.12410.2515-0.02780.0806-0.0102-0.14620.07020.025-0.2999.5950.986
33.44744.1225-1.0585.0586-2.388610.1263-0.1934-0.0395-1.22760.01070.47561.54840.3294-2.0192-0.2822-0.01780.15320.00670.11870.04790.2339-9.50812.8791.404
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AB1 - 671 - 67
22BA2 - 52 - 5
33BA66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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