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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2e7d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a NEAT domain from Staphylococcus aureus | ||||||
要素 | Hypothetical protein IsdH仮説 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Ig-like fold (免疫グロブリンスーパーファミリー) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Suenaga, A. / Tanaka, Y. / Yao, M. / Kumagai, I. / Tanaka, I. / Tsumoto, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Structural basis for multimeric heme complexation through a specific protein-heme interaction: the case of the third neat domain of IsdH from Staphylococcus aureus 著者: Watanabe, M. / Tanaka, Y. / Suenaga, A. / Kuroda, M. / Yao, M. / Watanabe, N. / Arisaka, F. / Ohta, T. / Tanaka, I. / Tsumoto, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2e7d.cif.gz | 61 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2e7d.ent.gz | 45.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2e7d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/2e7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/2e7d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14854.489 Da / 分子数: 2 / 断片: NEAT domain, residue 539-664 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: IsdH / プラスミド: pDBHT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q931P4 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.25 詳細: 0.1M sodium acetate, 2.2M ammonium sulfate, pH 4.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 18212 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rsym value: 0.042 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 10.6 % / Rsym value: 0.343 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2476559.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.6784 Å2 / ksol: 0.352619 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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