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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2drj | ||||||
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タイトル | Xray structure of alpha-2,3/8-sialyltransferase CstII F91Y mutant | ||||||
要素 | Alpha-2,3/8-sialyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / mixed alpha/beta | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Campylobacter jejuni (カンピロバクター) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Chiu, C.P.C. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2006 タイトル: High-throughput screening methodology for the directed evolution of glycosyltransferases 著者: Aharoni, A. / Thieme, K. / Chiu, C.P.C. / Buchini, S. / Lairson, L.L. / Chen, H. / Strynadka, N.C.J. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2drj.cif.gz | 67.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2drj.ent.gz | 47.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2drj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/2drj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/2drj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ro7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the molecule in the asymmetric unit by the operations: -x,-y,z; -y,x,z; y,-x,z. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30815.912 Da / 分子数: 1 / 断片: sialyltransferase residues 1-259 / 変異: F91Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q9LAK3, EC: 2.4.99.- | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-CSF / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M TEA pH 7.5, 20% PEG 400, 10% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.514 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月23日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.514 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→25 Å / Num. obs: 13458 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 23.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Num. unique all: 926 / Χ2: 0.948 / % possible all: 65.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1RO7 解像度: 2.25→23.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 5.545 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.254 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→23.81 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.251→2.309 Å / Total num. of bins used: 20
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