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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d4c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the endophilin BAR domain mutant | ||||||
要素 | SH3-containing GRB2-like protein 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / BAR domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of blood-brain barrier permeability / dendrite extension / synaptic vesicle uncoating / Retrograde neurotrophin signalling / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Recycling pathway of L1 / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / MHC class II antigen presentation / EGFR downregulation ...negative regulation of blood-brain barrier permeability / dendrite extension / synaptic vesicle uncoating / Retrograde neurotrophin signalling / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Recycling pathway of L1 / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / MHC class II antigen presentation / EGFR downregulation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / negative regulation of protein phosphorylation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / central nervous system development / cell projection / Negative regulation of MET activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / neuron projection development / Clathrin-mediated endocytosis / presynapse / early endosome / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / lipid binding / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Masuda, M. / Takeda, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2006 タイトル: Endophilin BAR domain drives membrane curvature by two newly identified structure-based mechanisms 著者: Masuda, M. / Takeda, S. / Sone, M. / Ohki, T. / Mori, H. / Kamioka, Y. / Mochizuki, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d4c.cif.gz | 190.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d4c.ent.gz | 152.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d4c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2d4c_validation.pdf.gz | 461.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2d4c_full_validation.pdf.gz | 481.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2d4c_validation.xml.gz | 35.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2d4c_validation.cif.gz | 48.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/2d4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/2d4c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29056.242 Da / 分子数: 4 / 断片: endophilin A1 BAR domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX6p3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL10-Gold 参照: UniProt: Q99962, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-CA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 100mM HEPES, 200mM calcium acetate, 10mM DTT, 20% PEG3350, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 38763 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.323 / Num. unique all: 3673 / % possible all: 93.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1X03 解像度: 2.4→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å
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