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万見
- PDB-2d18: Solution RNA structure of loop region of the HIV-1 dimerization i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d18
タイトルSolution RNA structure of loop region of the HIV-1 dimerization initiation site in the extended-duplex dimer
要素5'-R(*GP*CP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*GP*C)-3'
キーワードRNA (リボ核酸) / DIS / HIV-1
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Baba, S. / Takahashi, K. / Noguchi, S. / Takaku, H. / Koyanagi, Y. / Yamamoto, N. / Kawai, G.
引用ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2005
タイトル: Solution RNA structures of the HIV-1 dimerization initiation site in the kissing-loop and extended-duplex dimers.
著者: Baba, S. / Takahashi, K. / Noguchi, S. / Takaku, H. / Koyanagi, Y. / Yamamoto, N. / Kawai, G.
履歴
登録2005年8月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*GP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*GP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9632
ポリマ－10,9632
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*GP*C)-3'


分子量: 5481.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D NOESY
1241D-HSQC-selected spectrum
1341D-HSQC-filtered spectrum
1472D NOESY
2512D TOCSY
2612D NOESY
2732D-w2-filtered NOESY
2852D-w2-filtered NOESY
2962D TOCSY
21062D NOESY
NMR実験の詳細Text: Chemical synthesized 25-mer RNA corresponding to the HIV-1 dimerization initiation site. Enzymatical synthesized [G-13C/15N] labeled 39-mer RNA corresponding to the HIV-1 dimerization ...Text: Chemical synthesized 25-mer RNA corresponding to the HIV-1 dimerization initiation site. Enzymatical synthesized [G-13C/15N] labeled 39-mer RNA corresponding to the HIV-1 dimerization initiation site. Enzymatical synthesized [A-13C/15N] labeled 39-mer RNA corresponding to the HIV-1 dimerization initiation site. Enzymatical synthesized 39-mer RNA corresponding to the HIV-1 dimerization initiation site.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.8mM 25-mer RNA FRAGMENT; 10mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 100% D2O100% D2O
21.8mM 25-mer RNA FRAGMENT; 10mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.4mM [G-13C/15N] labeled 39-mer RNA FRAGMENT; 10mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 100% D2O100% D2O
40.4mM [G-13C/15N] labeled 39-mer RNA FRAGMENT; 10mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
50.2mM [A-13C/15N] labeled 39-mer RNA FRAGMENT; 10mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 100% D2O100% D2O
61.0mM 39-mer RNA FRAGMENT; 10mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 100% D2O100% D2O
71.0mM 39-mer RNA FRAGMENT; 10mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150mM NaCl 7.0 ambient 283 K
250mM NaCl 7.0 ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6BRUKER解析
Felix97Molecular Simulationsデータ解析
Discover97Accelrys構造決定
Discover97Accelrys精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 598 restraints, 384 are NOE-derived distance constraints, 138 dihedral angle restraints, 76 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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