PDB-2cn1: Crystal structure of Human Cytosolic 5'-Nucleotidase III (NT5C3)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cn1

タイトル

Crystal structure of Human Cytosolic 5'-Nucleotidase III (NT5C3)

要素

CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE III

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / NUCLEOTIDE-BINDING / UMPH1 / 5-PRIME /

NUCLEOTIDASE (ヌクレオチダーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA 2'-phosphotransferase activity / pyrimidine nucleoside metabolic process / 7-methylguanosine nucleotidase /

Pyrimidine catabolism / XMP 5'-nucleosidase activity /

5'-ヌクレオチダーゼ /

5'-nucleotidase activity / nucleotide metabolic process / defense response to virus /

nuclear body ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.67 Å

データ登録者

Wallden, K. / Stenmark, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Human Cytosolic 5'-Nucleotidase II: Insights Into Allosteric Regulation and Substrate Recognition.
著者: Wallden, K. / Stenmark, P. / Nyman, T. / Flodin, S. / Graslund, S. / Loppnau, P. / Bianchi, V. / Nordlund, P.

履歴

登録	2006年5月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cn1.cif.gz	68.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cn1.ent.gz	50.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cn1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/2cn1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/2cn1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2j2cC 2jc9C 2jcmC 2jgaC 2bduS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1f5q-1 4ne9-1 4ndi-d 1gy3-1 6gva-d 6fqb-2 6b88-d 4qxd-d 2x1n-1 6rij-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE III

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE III

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.389, 100.951, 76.723
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE III / CN-III / PYRIMIDINE 5'-NUCLEOTIDASE 1 / P5'N-1 / P5N-1 / PN-I / URIDINE 5'-MONOPHOSPHATE HYDROLASE 1 / P36 分子量: 33199.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: P28A-LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H0P0, 5'-ヌクレオチダーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE III / CN-III / PYRIMIDINE 5'-NUCLEOTIDASE 1 / P5'N-1 / P5N-1 / PN-I / URIDINE 5'-MONOPHOSPHATE HYDROLASE 1 / P36

分子量: 33199.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: P28A-LIC / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H0P0,

5'-ヌクレオチダーゼ

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 24% PEG1500, 20% GLYCEROL, pH 7.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月25日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.67→76.7 Å / Num. obs: 9828 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2.67→2.81 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BDU

2bdu

解像度: 2.67→65.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 11.294 / SU ML: 0.241 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.096 / ESU R Free: 0.353 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	470	4.8 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.196	9346	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.67→65.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2188	0	0	23	2211

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.61	1.973	3003
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.652	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.506	25.566	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.923	15	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.122	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	948
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.237	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.76	1.5	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.32	2	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.114	3	930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.345	4.5	810
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.67→2.74 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.284	30
R_work	0.243	684

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	50.6543	26.7021	-11.3897	36.6541	-13.6433	20.317	0.4788	-2.5316	0.0484	2.1163	-0.8692	-0.5732	-1.1174	0.8183	0.3904	0.3867	0.0022	-0.1281	0.4133	-0.0326	0.0479	27.866	10.374	40.683
2	2.2242	-1.1298	0.6514	0.8061	0.2867	1.8335	0.0022	0.0604	-0.1446	0.1658	0.2076	0.1629	-0.1491	-0.0717	-0.2099	0.2579	-0.0271	0.0148	0.2906	-0.0118	0.1831	20.771	8.075	26.678
3	1.4067	0.2729	-0.2715	0.5377	-0.1103	2.4789	0.0685	0.0081	0.1753	-0.2071	0.0961	-0.018	0.2356	-0.189	-0.1646	0.2705	-0.01	-0.0053	0.3511	-0.0138	0.1676	36.052	13.935	3.893
4	0.9535	-0.746	1.3604	3.7444	3.8656	9.6307	-0.104	0.4686	0.2842	0.1601	0.4225	-0.355	-0.1801	1.3581	-0.3185	0.1433	0.0141	-0.0218	0.5044	0.1128	0.2389	37.984	28.002	4.482
5	0.5697	0.3004	0.759	3.4575	2.6742	2.8951	-0.0543	0.0999	0.2579	0.4121	0.0163	0.3458	0.3138	-0.1298	0.0379	0.25	0.0174	0.0069	0.3905	0.0664	0.1955	28.989	28.176	6.114
6	1.7112	0.724	-0.6936	1.4739	-1.2689	2.9225	-0.0389	0.3056	-0.0207	-0.2233	0.091	0.1647	0.304	-0.2941	-0.052	0.2505	-0.019	-0.0716	0.3576	0.0024	0.1312	21.832	9.637	8.241
7	3.1759	4.8883	-3.0734	8.4608	-3.8681	3.7681	0.3146	0.457	0.3046	0.0492	0.0132	0.6106	-0.4421	-0.4087	-0.3278	0.1972	0.1348	0.047	0.3278	0.0682	0.2762	16.28	22.54	18.293
8	4.5642	0.2174	-1.3481	3.906	-0.2468	1.407	0.1189	0.0203	0.123	0.2496	0.0542	0.2714	-0.197	-0.1076	-0.173	0.2069	0.0047	0.0198	0.3365	0.0173	0.1679	18.073	15.176	27.089
9	8.0455	1.4733	-3.1918	2.0584	-1.2875	1.5426	0.3256	-0.4969	-0.0299	0.221	-0.2182	-0.1435	-0.2572	0.16	-0.1075	0.2861	-0.0294	-0.0349	0.3664	-0.0149	0.1266	35.882	18.941	26.531
10	2.4254	-0.4522	-0.6733	0.1724	0.4892	1.7392	-0.265	-0.1141	-0.3403	-0.0132	0.1181	-0.2288	0.1972	0.0219	0.1468	0.2858	0.0151	-0.0074	0.3808	-0.0209	0.1306	30.213	4.753	26.577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	43 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	71 - 85
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	86 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	121 - 196
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	197 - 214
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	215 - 245
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	246 - 265
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	266 - 286

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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