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万見
- PDB-2ch6: Crystal structure of human N-acetylglucosamine kinase in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ch6
タイトルCrystal structure of human N-acetylglucosamine kinase in complex with ADP and glucose
要素N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE KINASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / SUGAR KINASE / RIBONUCLEASE H FOLD / SUGAR KINASE/HSP70/ACTIN SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


muramyl dipeptide kinase activity / N-acetylglucosamine kinase / N-acetylglucosamine kinase activity / N-acylmannosamine kinase / N-acetylmannosamine metabolic process / Synthesis of UDP-N-acetyl-glucosamine / N-acetylglucosamine metabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / N-acetylneuraminate catabolic process ...muramyl dipeptide kinase activity / N-acetylglucosamine kinase / N-acetylglucosamine kinase activity / N-acylmannosamine kinase / N-acetylmannosamine metabolic process / Synthesis of UDP-N-acetyl-glucosamine / N-acetylglucosamine metabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / N-acetylneuraminate catabolic process / response to muramyl dipeptide / defense response to bacterium / 自然免疫系 / extracellular exosome / ATP binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
N-acetyl-D-glucosamine kinase NAGK-like / ATPase, BadF/BadG/BcrA/BcrD type / BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-D-glucosamine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Weihofen, W.A. / Berger, M. / Chen, H. / Saenger, W. / Hinderlich, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structures of Human N-Acetylglucosamine Kinase in Two Complexes with N-Acetylglucosamine and with Adp/Glucose: Insights Into Substrate Specificity and Regulation.
著者: Weihofen, W.A. / Berger, M. / Chen, H. / Saenger, W. / Hinderlich, S.
履歴
登録2006年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / software / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _software.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE KINASE
B: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE KINASE
C: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE KINASE
D: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,10012
ポリマ－149,6704
非ポリマー2,4298
水0
1
A: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE KINASE
D: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0506
ポリマ－74,8352
非ポリマー1,2154
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-24.7 kcal/mol
Surface area29710 Å2
手法PISA
2
B: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE KINASE
C: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,0506
ポリマ－74,8352
非ポリマー1,2154
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-25.7 kcal/mol
Surface area29530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.710, 101.992, 110.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.96727, -0.18627, -0.17233), (0.2353, -0.91261, -0.33432), (-0.095, -0.36393, 0.92657)154.22133, 128.66124, -33.4981
2given(-0.78777, 0.46701, -0.40165), (-0.60797, -0.48475, 0.6288), (0.09895, 0.73954, 0.6658)68.0626, 60.03337, -48.91132
3given(-0.9293, -0.34685, 0.12688), (-0.34543, 0.69471, -0.63092), (0.13068, -0.63014, -0.7654)144.12819, 89.39929, 162.9726
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO NAGK DIMERS (CHAINS AD FORM ONE, AND CHAINS C AND B FORM THE OTHER).

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要素

#1: タンパク質
N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE KINASE / N-ACETYLGLUCOSAMINE KINASE / NAGK PROTEIN / PROTEIN TMP_LOCUS_2 / GLCNAC KINASE


分子量: 37417.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
解説: CDNA FROM THE RESOURCE CENTER OF THE GERMAN HUMAN GENOME PROJECT
プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UJ70, N-acetylglucosamine kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 糖
ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 %
解説: MAD DATA OF SEMET LABELED CRYSTALS WERE COLLECTED AT PROTEIN STRUCTURE FACTORY BEAMLINE BL2 OF FREE UNIVERSITY BERLIN AT BESSY
結晶化pH: 5.6
詳細: 100 MM MES PH5.6, 100 MM NACL, 2% (W/V) PEG 20K, pH 5.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→30 Å / Num. obs: 40858 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.72→2.96 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.72→29.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 27.79 / SU ML: 0.32 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.41 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 2093 5.1 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.231 39284 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.28 Å20 Å20 Å2
2--2.77 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→29.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10159 0 156 0 10315
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02210536
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.9814255
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.54451322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.16623.178450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.843151699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0891574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.24525
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.27096
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1090.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4991.56712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.884210380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14634363
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.854.53875
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.72→2.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 161 -
Rwork0.3 2824 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8193-0.9054-0.59494.8985-0.26882.28040.1787-0.1090.2859-0.0371-0.0518-0.2583-0.2158-0.0243-0.1268-0.2909-0.02390.0367-0.32110.0251-0.110135.04794.34574.0381
21.71360.8461-0.27723.5827-1.90073.17290.1919-0.707-0.6430.7613-0.3027-0.21830.2628-0.25270.11080.2913-0.1224-0.08540.3930.1797-0.019315.682560.8839115.2026
34.1743-2.3728-0.41835.24550.26362.38780.03390.8609-0.6549-0.5973-0.2481-0.09290.74640.4760.21420.1106-0.00480.03160.31210.0016-0.041797.846414.7428132.0132
41.9865-0.6426-0.15446.8708-2.75972.67790.0934-0.06390.1411-0.32830.10530.536-0.14950.0751-0.1987-0.1366-0.0157-0.0839-0.1667-0.09770.014689.113797.5949.4314
52.83010.2377-1.42331.57450.73882.9101-0.1245-0.1446-0.12180.12370.0103-0.00170.31850.12630.1142-0.18360.0613-0.0776-0.28230.0134-0.215553.089375.357867.1176
65.84331.64211.95512.18590.84653.51040.2322-0.5362-0.9272-0.0297-0.0727-0.43030.08470.0629-0.1595-0.14340.06520.0108-0.14130.1504-0.04114.138771.06993.3072
73.2665-0.1271.45561.36330.00943.3798-0.10840.67920.1848-0.1378-0.1258-0.0942-0.21120.19040.2342-0.0953-0.08180.0044-0.02650.0988-0.182575.71330.7812128.5244
85.2709-0.4112-1.89421.5860.36133.3683-0.0441-0.85890.20410.08250.0814-0.1041-0.11350.4415-0.0373-0.16720.0419-0.0934-0.1245-0.0603-0.212776.188781.979371.8776
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 119
2X-RAY DIFFRACTION1A334 - 344
3X-RAY DIFFRACTION2B3 - 119
4X-RAY DIFFRACTION2B334 - 344
5X-RAY DIFFRACTION3C3 - 119
6X-RAY DIFFRACTION3C334 - 344
7X-RAY DIFFRACTION4D3 - 119
8X-RAY DIFFRACTION4D334 - 344
9X-RAY DIFFRACTION5A120 - 291
10X-RAY DIFFRACTION6B120 - 291
11X-RAY DIFFRACTION7C120 - 291
12X-RAY DIFFRACTION8D120 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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