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- PDB-2cfk: AGAO in complex with wc5 (Ru-wire inhibitor, 5-carbon linker) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cfk
タイトルAGAO in complex with wc5 (Ru-wire inhibitor, 5-carbon linker)
要素PHENYLETHYLAMINE OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / AMINE OXIDASE / ARTHROBACTER GLOBIFORMIS / COPPER (銅) / COPPER CONTAINING / TPQ / CUAO / QUINONE (キノン) / RUTHENIUM DIIMINE WIRES / COMPETITIVE INHIBITION (競合阻害) / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / 一級アミンオキシダーゼ / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain ...Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / RUTHENIUM WIRE, 5 CARBON LINKER / RUTHENIUM WIRE WC5 / Phenylethylamine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種ARTHROBACTER GLOBIFORMIS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Langley, D.B. / Duff, A.P. / Freeman, H.C. / Guss, J.M. / Juda, G.A. / Dooley, D.M. / Contakes, S.M. / Halpern-Manners, N.W. / Dunn, A.R. / Gray, H.B.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2008
タイトル: Enantiomer-specific binding of ruthenium(II) molecular wires by the amine oxidase of Arthrobacter globiformis.
著者: Langley, D.B. / Brown, D.E. / Cheruzel, L.E. / Contakes, S.M. / Duff, A.P. / Hilmer, K.M. / Dooley, D.M. / Gray, H.B. / Guss, J.M. / Freeman, H.C.
履歴
登録2006年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年12月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.label_alt_id / _citation.journal_abbrev ..._atom_site.label_alt_id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 2.12019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 2.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHENYLETHYLAMINE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,41715
ポリマ－71,7641
非ポリマー2,65414
水7,656425
1
A: PHENYLETHYLAMINE OXIDASE
ヘテロ分子

A: PHENYLETHYLAMINE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,83530
ポリマ－143,5282
非ポリマー5,30728
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)157.885, 62.944, 92.013
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2092-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PHENYLETHYLAMINE OXIDASE / AMINE OXIDASE / COPPER AMINE OXIDASE


分子量: 71763.766 Da / 分子数: 1 / 断片: AGAO HOLOENZYME, RESIDUES 3-638 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUE A382 WAS AN ACTIVE SITE TYROSINE RESIDUE, WHICH WAS SELF-PROCESSED TO BECOME A TPQ
由来: (組換発現) ARTHROBACTER GLOBIFORMIS (バクテリア)
プラスミド: PAGAO2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46881, EC: 1.4.3.6

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非ポリマー , 7種, 439分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-R5A / RUTHENIUM WIRE, 5 CARBON LINKER / BIS[1H,1'H-2,2'-BIPYRIDINATO(2-)-KAPPA~2~N~1~,N~1'~][3-{[5-(1,10-DIHYDRO-1,10-PHENANTHROLIN-4-YL-KAPPA~2~N~1~,N~10~)PENTYL]OXY}-N,N-DIMETHYLANILINATO(2-)]RUTHENIUM


分子量: 817.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H61N7ORu
#5: 化合物 ChemComp-R5B / RUTHENIUM WIRE WC5 / BIS[1H,1'H-2,2'-BIPYRIDINATO(2-)-KAPPA~2~N~1~,N~1'~][3-{[5-(1,10-DIHYDRO-1,10-PHENANTHROLIN-4-YL-KAPPA~2~N~1~,N~10~)PEN TYL]OXY}-N,N-DIMETHYLANILINATO(2-)]RUTHENIUM


分子量: 817.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H61N7ORu
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細RESIDES 1-2, MT, ARE THOUGHT TO BE CLEAVED. THE WILD TYPE MATURE PROTEIN IS COMPOSED OF RESIDUES 3- ...RESIDES 1-2, MT, ARE THOUGHT TO BE CLEAVED. THE WILD TYPE MATURE PROTEIN IS COMPOSED OF RESIDUES 3-638. RESIDUES 639- 640, SN, IS A PRE-TAG SPACER. RESIDUES 641-648, WSHPQFEK, IS A STREP-TAG II. SEE JUDA ET AL. (2001) PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION, 22, 455-461

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.86 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: THE CRYSTAL WAS GROWN BY HANGING DROP OVER 150 MM CITRATE PH 6.0, 800 MM NH4SO4. THE INHIBITOR WAS ADDED BY SOAKING, WITH ALL STEPS IN THE DARK, OVER THREE DAYS. 25 MG OF THE INHIBITOR (WC5) ...詳細: THE CRYSTAL WAS GROWN BY HANGING DROP OVER 150 MM CITRATE PH 6.0, 800 MM NH4SO4. THE INHIBITOR WAS ADDED BY SOAKING, WITH ALL STEPS IN THE DARK, OVER THREE DAYS. 25 MG OF THE INHIBITOR (WC5) DISSOLVED IN 250 MICROLITRE ETHANOL. 1MICROLITRE OF THIS WAS ADDED TO THE 200MICROLITRE RESERVOIR. GLYCEROL WAS THEN, ADDED IN 2-3% INCREMENTS, TO THE RESERVOIR, WITH THE NEW RESERVOIR SOLUTION SUBSTITUTING THE DROP SOLUTION. THE SOAK SAT FOR 24 HOURS AT 5% GLYCEROL. THE FINAL GLYCEROL CONCENTRATION WAS 30%.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月21日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→15 Å / Num. obs: 322625 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 21.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 2.58 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 4.33 / % possible all: 76.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W6G

1w6g


解像度: 1.8→15.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.82 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.165 3847 5 %RANDOM
Rwork0.145 ---
obs0.146 72905 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.71 Å20 Å20.14 Å2
2--3.04 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4868 0 167 425 5460
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0215189
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024618
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5052.0187088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.791310682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2615619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025850
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021164
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2510.25507
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.23159
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3080.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1840.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.74423087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.84334999
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9542100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7662089
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.212 259
Rwork0.2 4782

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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