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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c0j | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the bet3-trs33 heterodimer | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ENDOPLASMIC RETICULUM (小胞体) / ER-GOLGI TRANSPORT / LIPOPROTEIN (リポタンパク質) / PALMITATE (パルミチン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vesicle coating / vesicle tethering / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / COPII vesicle coating / intra-Golgi vesicle-mediated transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cis-Golgi network / cis-Golgi network membrane ...vesicle coating / vesicle tethering / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / COPII vesicle coating / intra-Golgi vesicle-mediated transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cis-Golgi network / cis-Golgi network membrane / COPII-mediated vesicle transport / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / ゴルジ体 / ゴルジ体 / ゴルジ体 / 小胞体 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, M.-S. / Yi, M.-J. / Lee, K.-H. / Wagner, J. / Munger, C. / Kim, Y.-G. / Whiteway, M. / Cygler, M. / Oh, B.-H. / Sacher, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Traffic / 年: 2005 タイトル: Biochemical and Crystallographic Studies Reveal a Specific Interaction between Trapp Subunits Trs33P and Bet3P 著者: Kim, M.-S. / Yi, M.-J. / Lee, K.-H. / Wagner, J. / Munger, C. / Kim, Y.-G. / Whiteway, M. / Cygler, M. / Oh, B.-H. / Sacher, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2c0j.cif.gz | 68.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2c0j.ent.gz | 54.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2c0j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/2c0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/2c0j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18230.748 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 15-175 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O43617 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 17677.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O75865 |
#3: 化合物 | ChemComp-PLM / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 15881 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.2→10 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
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溶媒の処理 | Bsol: 47.0909 Å2 / ksol: 0.456723 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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