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- PDB-2byr: CRYSTAL STRUCTURE OF ACHBP FROM APLYSIA CALIFORNICA in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2byr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ACHBP FROM APLYSIA CALIFORNICA in complex with methyllycaconitine
要素ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
キーワードRECEPTOR (受容体) / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR / METHYLLYCACONITINE
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHYLLYCACONITINE / Soluble acetylcholine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種APLYSIA CALIFORNICA (ジャンボアメフラシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Hansen, S.B. / Sulzenbacher, G. / Huxford, T. / Marchot, P. / Taylor, P. / Bourne, Y.
引用ジャーナル: Embo J. / : 2005
タイトル: Structures of Aplysia Achbp Complexes with Nicotinic Agonists and Antagonists Reveal Distinctive Binding Interfaces and Conformations.
著者: Hansen, S.B. / Sulzenbacher, G. / Huxford, T. / Marchot, P. / Taylor, P. / Bourne, Y.
履歴
登録2005年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
B: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
C: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
D: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
E: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
F: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
G: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
H: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
I: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
J: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,35520
ポリマ-258,52710
非ポリマー6,82810
10,016556
1
A: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
B: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
C: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
D: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
E: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,67810
ポリマ-129,2645
非ポリマー3,4145
905
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18740 Å2
ΔGint-88.5 kcal/mol
Surface area44480 Å2
手法PISA
2
F: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
G: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
H: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
I: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
J: ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,67810
ポリマ-129,2645
非ポリマー3,4145
905
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18360 Å2
ΔGint-90.7 kcal/mol
Surface area43810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.267, 135.776, 147.286
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNLEULEU5AA3 - 1311 - 21
21GLNGLNLEULEU5BB3 - 1311 - 21
31GLNGLNLEULEU5CC3 - 1311 - 21
41GLNGLNLEULEU5DD3 - 1311 - 21
51GLNGLNLEULEU5EE3 - 1311 - 21
61GLNGLNLEULEU5FF3 - 1311 - 21
71GLNGLNLEULEU5GG3 - 1311 - 21
81GLNGLNLEULEU5HH3 - 1311 - 21
91GLNGLNLEULEU5II3 - 1311 - 21
101GLNGLNLEULEU5JJ3 - 1311 - 21
12PROPROPROPRO5AA21 - 2829 - 36
22PROPROPROPRO5BB21 - 2829 - 36
32PROPROPROPRO5CC21 - 2829 - 36
42PROPROPROPRO5DD21 - 2829 - 36
52PROPROPROPRO5EE21 - 2829 - 36
62PROPROPROPRO5FF21 - 2829 - 36
72PROPROPROPRO5GG21 - 2829 - 36
82PROPROPROPRO5HH21 - 2829 - 36
92PROPROPROPRO5II21 - 2829 - 36
102PROPROPROPRO5JJ21 - 2829 - 36
13LEULEUASPASP5AA29 - 4437 - 52
23LEULEUASPASP5BB29 - 4437 - 52
33LEULEUASPASP5CC29 - 4437 - 52
43LEULEUASPASP5DD29 - 4437 - 52
53LEULEUASPASP5EE29 - 4437 - 52
63LEULEUASPASP5FF29 - 4437 - 52
73LEULEUASPASP5GG29 - 4437 - 52
83LEULEUASPASP5HH29 - 4437 - 52
93LEULEUASPASP5II29 - 4437 - 52
103LEULEUASPASP5JJ29 - 4437 - 52
14THRTHRLYSLYS5AA47 - 6155 - 69
24THRTHRLYSLYS5BB47 - 6155 - 69
34THRTHRLYSLYS5CC47 - 6155 - 69
44THRTHRLYSLYS5DD47 - 6155 - 69
54THRTHRLYSLYS5EE47 - 6155 - 69
64THRTHRLYSLYS5FF47 - 6155 - 69
74THRTHRLYSLYS5GG47 - 6155 - 69
84THRTHRLYSLYS5HH47 - 6155 - 69
94THRTHRLYSLYS5II47 - 6155 - 69
104THRTHRLYSLYS5JJ47 - 6155 - 69
15LEULEUASNASN5AA62 - 7470 - 82
25LEULEUASNASN5BB62 - 7470 - 82
35LEULEUASNASN5CC62 - 7470 - 82
45LEULEUASNASN5DD62 - 7470 - 82
55LEULEUASNASN5EE62 - 7470 - 82
65LEULEUASNASN5FF62 - 7470 - 82
75LEULEUASNASN5GG62 - 7470 - 82
85LEULEUASNASN5HH62 - 7470 - 82
95LEULEUASNASN5II62 - 7470 - 82
105LEULEUASNASN5JJ62 - 7470 - 82
16ILEILESERSER3AA75 - 8183 - 89
26ILEILESERSER3BB75 - 8183 - 89
36ILEILESERSER3CC75 - 8183 - 89
46ILEILESERSER3DD75 - 8183 - 89
56ILEILESERSER3EE75 - 8183 - 89
66ILEILESERSER3FF75 - 8183 - 89
76ILEILESERSER3GG75 - 8183 - 89
86ILEILESERSER3HH75 - 8183 - 89
96ILEILESERSER3II75 - 8183 - 89
106ILEILESERSER3JJ75 - 8183 - 89
17ILEILELEULEU3AA85 - 10293 - 110
27ILEILELEULEU3BB85 - 10293 - 110
37ILEILELEULEU3CC85 - 10293 - 110
47ILEILELEULEU3DD85 - 10293 - 110
57ILEILELEULEU3EE85 - 10293 - 110
67ILEILELEULEU3FF85 - 10293 - 110
77ILEILELEULEU3GG85 - 10293 - 110
87ILEILELEULEU3HH85 - 10293 - 110
97ILEILELEULEU3II85 - 10293 - 110
107ILEILELEULEU3JJ85 - 10293 - 110
18ILEILEVALVAL3AA106 - 115114 - 123
28ILEILEVALVAL3BB106 - 115114 - 123
38ILEILEVALVAL3CC106 - 115114 - 123
48ILEILEVALVAL3DD106 - 115114 - 123
58ILEILEVALVAL3EE106 - 115114 - 123
68ILEILEVALVAL3FF106 - 115114 - 123
78ILEILEVALVAL3GG106 - 115114 - 123
88ILEILEVALVAL3HH106 - 115114 - 123
98ILEILEVALVAL3II106 - 115114 - 123
108ILEILEVALVAL3JJ106 - 115114 - 123
19PHEPHETHRTHR3AA117 - 130125 - 138
29PHEPHETHRTHR3BB117 - 130125 - 138
39PHEPHETHRTHR3CC117 - 130125 - 138
49PHEPHETHRTHR3DD117 - 130125 - 138
59PHEPHETHRTHR3EE117 - 130125 - 138
69PHEPHETHRTHR3FF117 - 130125 - 138
79PHEPHETHRTHR3GG117 - 130125 - 138
89PHEPHETHRTHR3HH117 - 130125 - 138
99PHEPHETHRTHR3II117 - 130125 - 138
109PHEPHETHRTHR3JJ117 - 130125 - 138
110THRTHRTHRTHR3AA139 - 158147 - 166
210THRTHRTHRTHR3BB139 - 158147 - 166
310THRTHRTHRTHR3CC139 - 158147 - 166
410THRTHRTHRTHR3DD139 - 158147 - 166
510THRTHRTHRTHR3EE139 - 158147 - 166
610THRTHRTHRTHR3FF139 - 158147 - 166
710THRTHRTHRTHR3GG139 - 158147 - 166
810THRTHRTHRTHR3HH139 - 158147 - 166
910THRTHRTHRTHR3II139 - 158147 - 166
1010THRTHRTHRTHR3JJ139 - 158147 - 166
111ASPASPSERSER5AA159 - 178167 - 186
211ASPASPSERSER5BB159 - 178167 - 186
311ASPASPSERSER5CC159 - 178167 - 186
411ASPASPSERSER5DD159 - 178167 - 186
511ASPASPSERSER5EE159 - 178167 - 186
611ASPASPSERSER5FF159 - 178167 - 186
711ASPASPSERSER5GG159 - 178167 - 186
811ASPASPSERSER5HH159 - 178167 - 186
911ASPASPSERSER5II159 - 178167 - 186
1011ASPASPSERSER5JJ159 - 178167 - 186
112ALAALAGLNGLN3AA179 - 184187 - 192
212ALAALAGLNGLN3BB179 - 184187 - 192
312ALAALAGLNGLN3CC179 - 184187 - 192
412ALAALAGLNGLN3DD179 - 184187 - 192
512ALAALAGLNGLN3EE179 - 184187 - 192
612ALAALAGLNGLN3FF179 - 184187 - 192
712ALAALAGLNGLN3GG179 - 184187 - 192
812ALAALAGLNGLN3HH179 - 184187 - 192
912ALAALAGLNGLN3II179 - 184187 - 192
1012ALAALAGLNGLN3JJ179 - 184187 - 192
113TYRTYRGLUGLU3AA195 - 206203 - 214
213TYRTYRGLUGLU3BB195 - 206203 - 214
313TYRTYRGLUGLU3CC195 - 206203 - 214
413TYRTYRGLUGLU3DD195 - 206203 - 214
513TYRTYRGLUGLU3EE195 - 206203 - 214
613TYRTYRGLUGLU3FF195 - 206203 - 214
713TYRTYRGLUGLU3GG195 - 206203 - 214
813TYRTYRGLUGLU3HH195 - 206203 - 214
913TYRTYRGLUGLU3II195 - 206203 - 214
1013TYRTYRGLUGLU3JJ195 - 206203 - 214

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.93295, -0.28304, -0.22245), (-0.29329, 0.23928, 0.92559), (-0.20875, 0.92877, -0.30625)16.9609, -14.9647, -53.1359
2given(-0.93267, -0.27348, -0.2352), (-0.30014, 0.22674, 0.92655), (-0.20006, 0.93476, -0.29356)17.4744, -14.9729, -52.8857
3given(-0.94411, -0.2585, -0.20452), (-0.27039, 0.25247, 0.92905), (-0.18852, 0.93243, -0.30825)16.4878, -14.5193, -52.5635
4given(-0.93431, -0.28124, -0.219), (-0.28837, 0.23522, 0.92817), (-0.20953, 0.93035, -0.30088)17.1313, -14.8031, -53.1602
5given(-0.93563, -0.2815, -0.21294), (-0.2868, 0.25465, 0.92352), (-0.20575, 0.92515, -0.319)17.1127, -15.0974, -53.0729

-
要素

#1: タンパク質
ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN


分子量: 25852.744 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (ジャンボアメフラシ)
Cell: SENSORY CELL / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織 (発現宿主): KIDNEY / 参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物
ChemComp-MLK / METHYLLYCACONITINE / メチルリカコニチン / Methyllycaconitine


分子量: 682.800 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : C37H50N2O10 / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 22% PEG 4K, 0.1 M TRIS, PH 7.5, 0.4 M MG2CL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97563
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97563 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→72 Å / Num. obs: 95739 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 45.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.484 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BYN
解像度: 2.45→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 15.962 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.439 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1916 2 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 93613 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2 Å20 Å2-0.31 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16760 0 490 556 17806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02218003
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0215759
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3691.98924702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.734336833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.38352091
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X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.303152909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.95815117
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.22809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0219443
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X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.23001
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X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1A515tight positional0.10.2
2B515tight positional0.110.2
3C515tight positional0.120.2
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7G515tight positional0.150.2
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5E488medium positional0.130.4
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7G488medium positional0.310.4
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1A1513loose positional0.495
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1A488medium thermal1.284
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6F488medium thermal0.74
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1A1513loose thermal1.2610
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4D1513loose thermal0.7910
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9I1513loose thermal0.8210
10J1513loose thermal0.8410
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.338 140
Rwork0.277 6820
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.141-0.3130.10781.8105-0.35581.5554-0.0149-0.0358-0.0803-0.1408-0.0016-0.09440.08640.05120.0165-0.3128-0.02460.0355-0.3245-0.0297-0.25175.7068-15.5771-1.4009
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71.93690.10630.65912.42140.41742.5099-0.11940.15290.1233-0.31830.10310.0756-0.54460.20170.01630.0835-0.14120.03590.15480.0506-0.205520.32021.8817-79.2054
82.1981-0.5010.47752.07510.46822.2645-0.01420.19790.3156-0.2923-0.09740.2469-0.82410.02330.11160.4952-0.0742-0.0708-0.02620.1491-0.017214.976121.3241-60.9592
92.5320.47690.00362.0030.49392.45980.00580.05030.25710.0185-0.11780.3909-0.5644-0.19610.1120.09970.05090.0071-0.14430.0104-0.0897.05488.0583-38.009
102.03810.66260.36081.77870.82483.0055-0.00770.1376-0.17470.0883-0.09410.07790.2245-0.00810.1018-0.19070.06040.0328-0.1894-0.0047-0.20358.6027-18.1756-42.8488
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-4 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3C-2 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4D-2 - 208
5X-RAY DIFFRACTION5E-5 - 208
6X-RAY DIFFRACTION6F0 - 208
7X-RAY DIFFRACTION7G3 - 207
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 207
9X-RAY DIFFRACTION9I-5 - 208
10X-RAY DIFFRACTION10J-3 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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