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万見
- PDB-2bmv: Apoflavodoxin from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bmv
タイトルApoflavodoxin from Helicobacter pylori
要素FLAVODOXINフラボドキシン
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / HELICOBACTER PYLORI (ヘリコバクター・ピロリ) / FMN / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Flavodoxin, long chain / Flavodoxin domain / フラボドキシン / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ベンザミジン / フラボドキシン
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Martinez-Julvez, M. / Hermoso, J.A. / Sancho, J. / Perez-Dorado, I. / Cremades, N. / Bueno, M.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Common Conformational Changes in Flavodoxins Induced by Fmn and Anion Binding: The Structure of Helicobacter Pylori Apoflavodoxin.
著者: Martinez-Julvez, M. / Cremades, N. / Bueno, M. / Perez-Dorado, I. / Maya, C. / Cuesta-Lopez, S. / Prada, D. / Falo, F. / Hermoso, J.A. / Sancho, J.
#1: ジャーナル: Biophys.Chem. / 年: 2005
タイトル: Towards a Nwe Therapeutic Target: Helicobacter Pylori Flavodoxin
著者: Cremades, N. / Buen, M. / Toja, M. / Sancho, J.
履歴
登録2005年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年5月30日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6683
ポリマ－17,5121
非ポリマー1562
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)36.610, 45.712, 86.652
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 FLAVODOXIN / フラボドキシン


分子量: 17512.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
解説: THE GENE THAT WAS EXPRESSED TO OBTAIN THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A PATIENT INFECTED WITH H.PYLORI SP.
プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O25776
#2: 化合物 ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン / ベンザミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS REPORT THAT DISCREPANCIES IN SEQUENCE ARE DUE TO THE FACT THAT THE GENE WAS ISOLATED ...THE AUTHORS REPORT THAT DISCREPANCIES IN SEQUENCE ARE DUE TO THE FACT THAT THE GENE WAS ISOLATED FROM A PATIENT INFECTED WITH H.PYLORI. THE CONFLICTS REPORTED BELOW COULD BE THAT FROM A VARIANT STRAIN OF THE BACTERIA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.3 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUCKER-NONIUS / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月25日 / 詳細: MONTEL MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→20.3 Å / Num. obs: 9402 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.11→2.18 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FUE

1fue


解像度: 2.11→9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 7.122 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 625 7.2 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.206 8016 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1228 0 10 111 1349
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4641.9421693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82932561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7295162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02252
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.21244
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.284
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2510.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2160.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6391.5799
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17721266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9773457
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0774.5427
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.16 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.351 43
Rwork0.259 520
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.099 Å / Origin y: 21.977 Å / Origin z: 33.493 Å
111213212223313233
T0.0093 Å2-0.0258 Å2-0.0018 Å2-0.0728 Å20.0093 Å2--0.043 Å2
L2.4179 °20.5031 °2-0.628 °2-1.5998 °20.0464 °2--1.1346 °2
S-0.1249 Å °0.2349 Å °0.0867 Å °0.0365 Å °0.1649 Å °-0.0731 Å °0.0396 Å °-0.0909 Å °-0.04 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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