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- PDB-2bkr: NEDD8 NEDP1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bkr
タイトルNEDD8 NEDP1 complex
要素
  • NEDDYLIN
  • SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 8
キーワードPROTEIN-BINDING/HYDROLASE / PROTEIN-BINDING-HYDROLASE COMPLEX / UBIQUITIN (ユビキチン) / HYDROLASE (加水分解酵素) / PROTEASE (プロテアーゼ) / THIOL PROTEASE (システインプロテアーゼ) / UBL CONJUGATION PATHWAY / UBIQUITIN-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of proteolysis / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / anatomical structure morphogenesis / cysteine-type peptidase activity / post-translational protein modification / Iron uptake and transport / protein modification process ...deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of proteolysis / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / anatomical structure morphogenesis / cysteine-type peptidase activity / post-translational protein modification / Iron uptake and transport / protein modification process / modification-dependent protein catabolic process / protein localization / protein tag activity / UCH proteinases / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / タンパク質分解 / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
NEDD8-specific protease 1/2-like / Adenoviral Proteinase; Chain / Adenoviral Proteinase; Chain A / Nedd8-like ubiquitin / Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin conserved site ...NEDD8-specific protease 1/2-like / Adenoviral Proteinase; Chain / Adenoviral Proteinase; Chain A / Nedd8-like ubiquitin / Ubiquitin-like protease family profile. / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NEDD8 / Sentrin-specific protease 8
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Shen, L.N. / Liu, H. / Dong, C. / Xirodimas, D. / Naismith, J.H. / Hay, R.T.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structural Basis of Nedd8 Ubiquitin Discrimination by the Deneddylating Enzyme Nedp1
著者: Shen, L.N. / Liu, H. / Dong, C. / Xirodimas, D. / Naismith, J.H. / Hay, R.T.
履歴
登録2005年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 8
B: NEDDYLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7342
ポリマ－32,7342
非ポリマー00
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.638, 74.226, 79.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SENTRIN-SPECIFIC PROTEASE 8 / NEDP1 / SENTRIN/SUMO-SPECIFIC PROTEASE SENP8 / CYSTEINE PROTEASE FKSG8 / PROTEASE / CYSTEINE 2


分子量: 24073.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q96LD8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質 NEDDYLIN / NEDD8 / UBIQUITIN-LIKE PROTEIN NEDD8


分子量: 8661.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15843
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: POSSIBLE INVOLVEMENT IN THE RELEASE OF SENTRINS. POSSIBLE ROLE DURING THE EMBRYONIC ...FUNCTION: POSSIBLE INVOLVEMENT IN THE RELEASE OF SENTRINS. POSSIBLE ROLE DURING THE EMBRYONIC DEVELOPMENT AND DIFFERENTIATION OF THE CENTRAL NERVOUS SYSTEM
配列の詳細EXTRA N-TERMINAL RESIDUE FROM CLONING SER FOR CHAIN B. THE ORIGINAL SAMPLE FOR CHAIN B CONTAINS 82 ...EXTRA N-TERMINAL RESIDUE FROM CLONING SER FOR CHAIN B. THE ORIGINAL SAMPLE FOR CHAIN B CONTAINS 82 RESIDUES INCLUDING GLY GLY LEU ARG GLN (77-81) BUT THESE RESIDUES ARE CLEAVED OFF BY THE PROTEASE DURING THE COMPLEX FORMATION. THESE RESIDUES ARE NOT THEREFORE PART OF OF THE CRYSTALLIZED COMPLEX.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化pH: 4.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY SETTING-DROP METHOD BY MIXING THE NEDP1-NEDD8 COMPLEX (20MG/ML) WITH EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 20%PEG8000, 200MM NACL, 100MM PHOSPHATE CITRATE PH4.5, pH 4.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.008
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→54 Å / Num. obs: 25411 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→54.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.177 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 1307 5.1 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.171 24174 97.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2--1.18 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→54.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2250 0 0 214 2464
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222297
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.9453113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6795286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.27425.094106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.1215389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.851159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021741
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21053
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21603
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3090.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0991.51477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61622316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0183927
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4394.5797
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.241 76
Rwork0.2 1423
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4071-0.2885-0.181.9757-0.37391.3367-0.0058-0.06670.05450.02720.0539-0.1012-0.10420.0333-0.0481-0.1043-0.02640.0024-0.1385-0.02510.098126.0315.21423.515
24.9434-0.2712-1.41751.01710.07391.9424-0.1091-0.0614-0.40030.07830.00860.15940.031-0.20710.1005-0.1357-0.0268-0.0039-0.11710.02790.14825.721-2.33330.193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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