PDB-2bje: Acylphosphatase from Sulfolobus solfataricus. Monclinic P21 space...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2bje

タイトル

Acylphosphatase from Sulfolobus solfataricus. Monclinic P21 space group

要素

ACYLPHOSPHATASE

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素)

機能・相同性

機能・相同性情報

acylphosphatase /

acylphosphatase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Rosano, C. / Zuccotti, S.

引用

ジャーナル: Proteins: Struct., Funct., Bioinf. / 年: 2006
タイトル: Structure, Conformational Stability, and Enzymatic Properties of Acylphosphatase from the Hyperthermophile Sulfolobus Solfataricus.
著者: Corazza, A. / Rosano, C. / Pagano, K. / Alverdi, V. / Esposito, G. / Capanni, C. / Bemporad, F. / Plakoutsi, G. / Stefani, M. / Chiti, F. / Zuccotti, S. / Bolognesi, M. / Viglino, P.

履歴

登録	2005年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2005年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2bje.cif.gz	88.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2bje.ent.gz	68.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2bje.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/2bje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/2bje	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1y9oC 2bjdC 2acyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1cm2-d 1txe-d 1bwo-1 4nmp-1 1poh-d 4jop-2 4k76-4 1bwo-2 2bjd-2 4r2z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ACYLPHOSPHATASE

C: ACYLPHOSPHATASE

E: ACYLPHOSPHATASE

G: ACYLPHOSPHATASE

ヘテロ分子

47.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ACYLPHOSPHATASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12 kDa, 1 ポリマー
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2

C: ACYLPHOSPHATASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: ACYLPHOSPHATASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: ACYLPHOSPHATASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
11.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.980, 56.532, 60.805
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.69, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ACYLPHOSPHATASE / 分子量: 11652.300 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97ZL0, acylphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.65 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.931
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→29.54 Å / Num. obs: 25338 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ACY

2acy

解像度: 1.9→8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 8.231 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	1266	5.1 %	RANDOM
R_work	0.162	-	-	-
obs	0.166	23644	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.45 Å²	0 Å²	-1.24 Å²
2-	-	0.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2900	0	31	184	3115

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.997	1.991	4073
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.904	3	6224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.047	5	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.944	23.758	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.863	15	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.338	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.15	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.02	0.02	2312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	632
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.266	0.2	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.314	0.2	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.348	0.2	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.251	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.357	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.333	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.799	1.5	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.61	2	2875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.37	3	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.511	3	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→2 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.245	167
R_work	0.18	3218

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.513	1.5574	-0.9047	6.8239	-1.2045	4.9297	0.117	0.0265	0.0554	0.1482	-0.1678	0.1009	-0.0912	0.0915	0.0508	-0.163	-0.0121	0.1351	-0.3048	0.0031	-0.2442	2.042	0.734	7.411
2	1.3954	0.5841	-1.1023	4.4334	2.2149	8.0226	0.0017	0.0695	-0.1514	0.0197	0.0407	-0.2689	0.1983	0.0488	-0.0423	-0.1759	0.006	0.1105	-0.2903	-0.0056	-0.1852	8.04	4.211	-22.881
3	2.0017	-0.2758	-1.3906	3.8098	2.5708	8.0161	-0.1502	0.0153	-0.0199	0.0275	0.0604	0.0337	0.0584	-0.2028	0.0897	-0.1743	-0.0055	0.1164	-0.2443	-0.0206	-0.2049	20.801	-3.377	24.513
4	3.2912	-3.5592	-0.0659	9.3669	-1.1463	3.9751	-0.02	-0.0752	-0.0298	0.2968	0.027	0.1686	0.0091	-0.1523	-0.007	-0.0972	0.0201	0.1206	-0.2642	0.0019	-0.2359	28.463	0.205	-5.438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	4 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	4 - 94
4	X-RAY DIFFRACTION	4	G	4 - 94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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