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- PDB-2bh2: Crystal Structure of E. coli 5-methyluridine methyltransferase Ru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bh2
タイトルCrystal Structure of E. coli 5-methyluridine methyltransferase RumA in complex with ribosomal RNA substrate and S-adenosylhomocysteine.
要素
  • 23S RIBOSOMAL RNA 1932-1968
  • 23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / IRON-SULFUR CLUSTER (鉄・硫黄クラスター) / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / RNA MODIFICATION (RNAエディティング) / RNA PROCESSING (転写後修飾) / RUMA / BASE FLIPPING / SAM / OB-FOLD / PROTEIN-RNA COMPLEX / BASE STACKING (核酸の三次構造) / SUBSTRATE SELECTIVITY / GENERAL BASE / PRODUCT RELEASE / 4FE-4S (鉄硫黄タンパク質) / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (uracil1939-C5)-methyltransferase / rRNA (uridine-C5-)-methyltransferase activity / rRNA base methylation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1070 / RNA methyltransferase TrmA, active site / RNA methyltransferase TrmA, conserved site / RNA methyltransferase trmA family signature 1. / RNA methyltransferase trmA family signature 2. / (Uracil-5)-methyltransferase family / tRNA (Uracil-5-)-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase RNA m(5)U-type domain profile. / TRAM domain ...23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1070 / RNA methyltransferase TrmA, active site / RNA methyltransferase TrmA, conserved site / RNA methyltransferase trmA family signature 1. / RNA methyltransferase trmA family signature 2. / (Uracil-5)-methyltransferase family / tRNA (Uracil-5-)-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase RNA m(5)U-type domain profile. / TRAM domain / TRAM domain / TRAM domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / Vaccinia Virus protein VP39 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-アデノシル-L-ホモシステイン / 鉄・硫黄クラスター / リボ核酸 / RNA (> 10) / 23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Lee, T.T. / Agarwalla, S. / Stroud, R.M.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: A Unique RNA Fold in the Ruma-RNA-Cofactor Ternary Complex Contributes to Substrate Selectivity and Enzymatic Function
著者: Lee, T.T. / Agarwalla, S. / Stroud, R.M.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Ruma, an Iron-Sulfur Cluster Containing E. Coli Ribosomal RNA 5-Methyluridine Methyltransferase
著者: Lee, T.T. / Agarwalla, S. / Stroud, R.M.
履歴
登録2005年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA
B: 23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA
C: 23S RIBOSOMAL RNA 1932-1968
D: 23S RIBOSOMAL RNA 1932-1968
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,4658
ポリマ－119,9924
非ポリマー1,4724
水6,125340
1
A: 23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA
C: 23S RIBOSOMAL RNA 1932-1968
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7324
ポリマ－59,9962
非ポリマー7362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: 23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA
D: 23S RIBOSOMAL RNA 1932-1968
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7324
ポリマ－59,9962
非ポリマー7362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)190.061, 63.542, 112.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 23S RRNA (URACIL-5-)-METHYLTRANSFERASE RUMA / 23S RRNA(M-5-U1939)-METHYLTRANSFERASE / 23S RRNA URACIL-5-METHYLTRANSFERASE RUMA


分子量: 48114.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: IRON-SULFUR CLUSTER LINKED BY CYS81, CYS87, CYS90, AND CYS162
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P55135, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA 1932-1968


分子量: 11882.091 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: 5-FLUORO-U1939 IS METHYLATED AND ITS 6-C IS COVALENTLY LINKED TO CYS389 OF RUMA
由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細S-ADENOSYL-L-METHIONINE => S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE + RRNA + RRNA CONTAINING THYMINE. CATALYZES ...S-ADENOSYL-L-METHIONINE => S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE + RRNA + RRNA CONTAINING THYMINE. CATALYZES THE FORMATION OF 5-METHYL-URIDINE AT POSITION 1939 (M-5-U1939) IN 23S RRNA. BELONGS TO THE RNA M5U METHYLTRANSFERASE FAMILY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 6.5
詳細: RUMA-RNA-SAH COMPLEX WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 1.5 M AMMONIUM SULFATE, AND 10 MM MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月19日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 59411 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UWV

1uwv


解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.547 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 3002 5.1 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.177 56408 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.84 Å20 Å2-0.26 Å2
2--1.43 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6474 1274 68 340 8156
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0218108
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0112.17811280
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.978315585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9375832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.21269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.021290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21398
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.27962
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.24604
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1450.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3020.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1540.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8651.54168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53426707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.86433940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.284.54549
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.343 199
Rwork0.248 3990
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7948-4.12234.143514.9885-10.087314.8569-0.7991-1.1220.21831.65480.97490.0161-1.164-1.3807-0.17580.27860.1058-0.02350.535-0.07670.153699.50729.988136.7798
23.32330.45730.74031.73190.59661.93010.0569-0.46280.40620.0785-0.11420.288-0.2337-0.270.05730.10170.00120.01090.0678-0.03120.15167.678514.40822.906
33.00810.79410.5081.25420.71821.40790.09260.0115-0.39510.0542-0.0153-0.160.15680.2332-0.07720.0470.0055-0.0010.02250.02070.089781.8381-7.99112.115
41.21961.1955-0.18673.1654-1.926624.4443-0.3374-0.0745-0.84490.1294-0.4297-0.36461.9261.02590.76720.31850.00030.10580.25740.1040.41718.1465-35.233227.0436
52.78720.78730.16582.47020.23731.75280.00140.2908-0.1767-0.17030.0508-0.41380.07720.184-0.05210.0496-0.01190.01410.0122-0.02410.050144.6634-21.32827.7016
62.44931.1834-0.29851.9583-0.06540.96740.161-0.39930.40690.2143-0.16870.2583-0.1484-0.12360.00770.0514-0.00380.03770.0775-0.06820.093131.765-2.739424.9969
71.6396-1.01482.51010.4932-1.09772.1081-0.0481-0.5369-0.21170.15360.2320.12630.1264-0.2785-0.1840.3807-0.03720.02250.44310.04480.038383.0028-3.5535.5746
80.66960.0492-0.45170.74630.73242.0258-0.1027-0.7633-0.02040.39290.0531-0.05840.49950.10880.04960.3658-0.0069-0.02940.37690.0440.022335.5851-24.337333.5657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2A75 - 93
3X-RAY DIFFRACTION2A1
4X-RAY DIFFRACTION2A125 - 262
5X-RAY DIFFRACTION3A94 - 124
6X-RAY DIFFRACTION3A263 - 432
7X-RAY DIFFRACTION3A500
8X-RAY DIFFRACTION4B16 - 74
9X-RAY DIFFRACTION5B75 - 93
10X-RAY DIFFRACTION5B1
11X-RAY DIFFRACTION5B125 - 262
12X-RAY DIFFRACTION6B94 - 124
13X-RAY DIFFRACTION6B263 - 431
14X-RAY DIFFRACTION6B500
15X-RAY DIFFRACTION7C1932 - 1961
16X-RAY DIFFRACTION8D1932 - 1961

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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