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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bed | ||||||
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タイトル | Structure of FPT bound to inhibitor SCH207736 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / FPT / PTase / Farnesyl (ファルネソール) / drug design (医薬品設計) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesylation / regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tubulin deacetylation ...Apoptotic cleavage of cellular proteins / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RAS processing / protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesylation / regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tubulin deacetylation / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / farnesyltranstransferase activity / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / microtubule associated complex / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / alpha-tubulin binding / response to inorganic substance / positive regulation of cell cycle / response to cytokine / wound healing / lipid metabolic process / response to organic cyclic compound / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of fibroblast proliferation / fibroblast proliferation / microtubule binding / cell population proliferation / molecular adaptor activity / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Strickland, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006 タイトル: Enhanced FTase activity achieved via piperazine interaction with catalytic zinc. 著者: Njoroge, F.G. / Vibulbhan, B. / Pinto, P. / Strickland, C. / Bishop, W.R. / Nomeir, A. / Girijavallabhan, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2bed.cif.gz | 168.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2bed.ent.gz | 130.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2bed.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/2bed ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/2bed | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | FPT is a dimer of the alpha and beta subunits. There is 1 alpha and 1 beta in the asymmetric unit and together these form the biological unit. |
-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 37691.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fnta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q04631, protein farnesyltransferase, protein geranylgeranyltransferase type I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 44879.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Fntb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02293, protein farnesyltransferase |
-非ポリマー , 4種, 391分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#4: 化合物 | ChemComp-FPP / |
#5: 化合物 | ChemComp-736 / ( |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.66 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 32808 / % possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.091 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→50 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 54.724 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
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Xplor file |
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