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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2b52 | ||||||
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タイトル | Human cyclin dependent kinase 2 (CDK2) complexed with DPH-042562 | ||||||
要素 | Cell division protein kinase 2細胞分裂 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / PROTEIN KINASE (プロテインキナーゼ) / CELL CYCLE (細胞周期) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / CELL DIVISION (細胞分裂) / MITOSIS (有糸分裂) / INHIBITION (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation ...cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X染色体 / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cellular response to nitric oxide / カハール体 / サイクリン依存性キナーゼ / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / post-translational protein modification / meiotic cell cycle / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / response to organic substance / G1/S transition of mitotic cell cycle / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / 遺伝的組換え / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / 細胞老化 / Regulation of TP53 Degradation / 核膜 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 遺伝子発現の調節 / peptidyl-serine phosphorylation / Ras protein signal transduction / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / DNA複製 / chromosome, telomeric region / エンドソーム / クロマチンリモデリング / 細胞分裂 / protein domain specific binding / protein phosphorylation / DNA修復 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å | ||||||
データ登録者 | Muckelbauer, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2004 タイトル: Synthesis and Evaluation of Indenopyrazoles as Cyclin-Dependent Kinase Inhibitors. Part 4: Heterocycles at C3 著者: Yue, E.W. / Dimeo, S.V. / Higley, C.A. / Markwalder, J.A. / Burton, C.R. / Benfield, P.A. / Grafstrom, R.H. / Cox, S. / Muckelbauer, J.K. / Smallwood, A. / Chen, H. / Chang, C.-H. / Trainor, G.L. / Seitz, S.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2b52.cif.gz | 71.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2b52.ent.gz | 53 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2b52.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/2b52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/2b52 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33976.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2 / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P24941, EC: 2.7.1.37 |
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#2: 化合物 | ChemComp-D42 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.73 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 100mM HEPES pH 7.4, 50mM Ammonium Acetate, 2mM DTT, 4-14% PEG 4000 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→20 Å / Num. obs: 23208 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.747 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→18.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 342487.41 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.6516 Å2 / ksol: 0.350366 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→18.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.88→2 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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