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- PDB-2b2d: RNA stemloop operator from bacteriophage QBETA complexed with an ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b2d
タイトルRNA stemloop operator from bacteriophage QBETA complexed with an N87S,E89K mutant MS2 capsid
要素
  • 5'-R(*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*UP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*U)-3'
  • Coat protein
キーワードVIRUS/VIRAL PROTEIN/RNA / capsid (カプシド) / complex (capsid protein - RNA hairpin) hairpin / levivirus / VIRUS/VIRAL / protein/RNA / VIRUS-VIRAL PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
MS2 Viral Coat Protein / MS2 Viral Coat Protein / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / カプシド
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Horn, W.T. / Tars, K. / Grahn, E. / Helgstrand, C. / Baron, A.J. / Lago, H. / Adams, C.J. / Peabody, D.S. / Phillips, S.E.V. / Stonehouse, N.J. ...Horn, W.T. / Tars, K. / Grahn, E. / Helgstrand, C. / Baron, A.J. / Lago, H. / Adams, C.J. / Peabody, D.S. / Phillips, S.E.V. / Stonehouse, N.J. / Liljas, L. / Stockley, P.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structural basis of RNA binding discrimination between bacteriophages Qbeta and MS2
著者: Horn, W.T. / Tars, K. / Grahn, E. / Helgstrand, C. / Baron, A.J. / Lago, H. / Adams, C.J. / Peabody, D.S. / Phillips, S.E.V. / Stonehouse, N.J. / Liljas, L. / Stockley, P.G.
履歴
登録2005年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月14日Group: Advisory
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: 5'-R(*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*UP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*U)-3'
S: 5'-R(*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*UP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*U)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9185
ポリマ－53,9185
非ポリマー00
水2,144119
1
R: 5'-R(*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*UP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*U)-3'
S: 5'-R(*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*UP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*U)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,235,094300
ポリマ－3,235,094300
非ポリマー00
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
R: 5'-R(*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*UP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*U)-3'
S: 5'-R(*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*UP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*U)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 270 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,59125
ポリマ－269,59125
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
R: 5'-R(*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*UP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*U)-3'
S: 5'-R(*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*UP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*U)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 324 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,50930
ポリマ－323,50930
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
R: 5'-R(*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*UP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*U)-3'
S: 5'-R(*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*UP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*U)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 10


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 539 kDa, 50 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)539,18250
ポリマ－539,18250
非ポリマー00
水72140
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation9
単位格子
Length a, b, c (Å)287.80, 287.80, 652.60
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number155
Space group name H-MH32
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.8660254), (0.64549722, 0.372678, 0.66666667), (-0.57735027, -0.33333333, 0.74535599)
3generate(-0.30901699, -0.75576131, -0.57735027), (0.17841104, -0.64235033, 0.74535599), (-0.93417236, 0.127322, 0.33333333)
4generate(-0.30901699, 0.17841104, -0.93417236), (-0.75576131, -0.64235033, 0.127322), (-0.57735027, 0.74535599, 0.33333333)
5generate(0.5, 0.64549722, -0.57735027), (-0.8660254, 0.372678, -0.33333333), (0.66666667, 0.74535599)
6generate(0.30901699, -0.75576131, -0.57735027), (-0.75576131, -0.563661, 0.33333333), (-0.57735027, 0.33333333, -0.74535599)
7generate(-0.35682209, -0.93417236), (-0.93417236, 0.33333333, -0.127322), (0.35682209, 0.872678, -0.33333333)
8generate(0.30901699, 0.17841104, -0.93417236), (-0.17841104, 0.97568366, 0.127322), (0.93417236, 0.127322, 0.33333333)
9generate(0.80901699, 0.11026409, -0.57735027), (0.46708618, 0.47568366, 0.74535599), (0.35682209, -0.872678, 0.33333333)
10generate(0.80901699, -0.46708618, -0.35682209), (0.11026409, -0.47568366, 0.872678), (-0.57735027, -0.74535599, -0.33333333)
詳細SYMOP SYMMETRY NNNMMM OPERATOR 1555 X,Y,Z 2555 -Y,X-Y,Z 3555 Y-X,-X,Z 4555 Y,X,-Z 5555 X-Y,-Y,-Z 6555 -X,Y-X,-Z 7555 2/3+X,1/3+Y,1/3+Z 8555 2/3-Y,1/3+X-Y,1/3+Z 9555 2/3+Y-X,1/3-X,1/3+Z 10555 2/3+Y,1/3+X,1/3-Z 11555 2/3+X-Y,1/3-Y,1/3-Z 12555 2/3-X,1/3+Y-X,1/3-Z 13555 1/3+X,2/3+Y,2/3+Z 14555 1/3-Y,2/3+X-Y,2/3+Z 15555 1/3+Y-X,2/3-X,2/3+Z 16555 1/3+Y,2/3+X,2/3-Z 17555 1/3+X-Y,2/3-Y,2/3-Z 18555 1/3-X,2/3+Y-X,2/3-Z WHERE NNN -> OPERATOR NUMBER MMM -> TRANSLATION VECTOR CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS THE FOLLOWING TRANSFORMATIONS OPERATE ON THE ATOM/HETATM RECORDS IN THIS ENTRY TO PRODUCE CRYSTALLOGRAPHICALLY RELATED MOLECULES. SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SMTRY1 2 -0.500000 -0.866025 0.000000 0.00000 SMTRY2 2 0.866025 -0.500000 0.000000 0.00000 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SMTRY1 3 -0.500000 0.866025 0.000000 0.00000 SMTRY2 3 -0.866025 -0.500000 0.000000 0.00000 SMTRY3 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 SMTRY1 4 -0.500000 0.866025 0.000000 0.00000 SMTRY2 4 0.866025 0.500000 0.000000 0.00000 SMTRY3 4 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 SMTRY1 5 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SMTRY2 5 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 SMTRY3 5 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 SMTRY1 6 -0.500000 -0.866025 0.000000 0.00000 SMTRY2 6 -0.866025 0.500000 0.000000 0.00000 SMTRY3 6 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 SMTRY1 7 1.000000 0.000000 0.000000 55.34800 SMTRY2 7 0.000000 1.000000 0.000000 31.95518 SMTRY3 7 0.000000 0.000000 1.000000 39.09767 SMTRY1 8 -0.500000 -0.866025 0.000000 55.34800 SMTRY2 8 0.866025 -0.500000 0.000000 31.95518 SMTRY3 8 0.000000 0.000000 1.000000 39.09767 SMTRY1 9 -0.500000 0.866025 0.000000 55.34800 SMTRY2 9 -0.866025 -0.500000 0.000000 31.95518 SMTRY3 9 0.000000 0.000000 1.000000 39.09767 SMTRY1 10 -0.500000 0.866025 0.000000 55.34800 SMTRY2 10 0.866025 0.500000 0.000000 31.95518 SMTRY3 10 0.000000 0.000000 -1.000000 39.09767 SMTRY1 11 1.000000 0.000000 0.000000 55.34800 SMTRY2 11 0.000000 -1.000000 0.000000 31.95518 SMTRY3 11 0.000000 0.000000 -1.000000 39.09767 SMTRY1 12 -0.500000 -0.866025 0.000000 55.34800 SMTRY2 12 -0.866025 0.500000 0.000000 31.95518 SMTRY3 12 0.000000 0.000000 -1.000000 39.09767 SMTRY1 13 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SMTRY2 13 0.000000 1.000000 0.000000 63.91037 SMTRY3 13 0.000000 0.000000 1.000000 78.19533 SMTRY1 14 -0.500000 -0.866025 0.000000 0.00000 SMTRY2 14 0.866025 -0.500000 0.000000 63.91037 SMTRY3 14 0.000000 0.000000 1.000000 78.19533 SMTRY1 15 -0.500000 0.866025 0.000000 0.00000 SMTRY2 15 -0.866025 -0.500000 0.000000 63.91037 SMTRY3 15 0.000000 0.000000 1.000000 78.19533 SMTRY1 16 -0.500000 0.866025 0.000000 0.00000 SMTRY2 16 0.866025 0.500000 0.000000 63.91037 SMTRY3 16 0.000000 0.000000 -1.000000 78.19533 SMTRY1 17 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 SMTRY2 17 0.000000 -1.000000 0.000000 63.91037 SMTRY3 17 0.000000 0.000000 -1.000000 78.19533 SMTRY1 18 -0.500000 -0.866025 0.000000 0.00000 SMTRY2 18 -0.866025 0.500000 0.000000 63.91037 SMTRY3 18 0.000000 0.000000 -1.000000 78.19533 REMARK: NULL BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE UNIQUE NON-CRYSTALLOGRAPHIC VIRAL REPEAT UNIT, WHICH CONSISTS OF 5 CHAIN(S). SEE FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). QUATERNARY STRUCTURE FOR THIS ENTRY: VIRUS GENERATING THE BIOMOLECULE COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. BIOMOLECULE: 1 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B, C, R, S BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMT1 2 -0.000007 -0.934176 0.356813 0.00000 BIOMT2 2 -0.356827 0.333330 0.872672 0.00000 BIOMT3 2 -0.934180 -0.127331 -0.333324 0.00000 BIOMT1 3 0.809013 -0.110269 0.577340 0.00000 BIOMT2 3 -0.467093 0.475679 0.745350 0.00000 BIOMT3 3 -0.356826 -0.872687 0.333341 0.00000 BIOMT1 4 0.500003 -0.866020 -0.000003 0.00000 BIOMT2 4 -0.645495 -0.372676 -0.666658 0.00000 BIOMT3 4 0.577363 0.333334 -0.745361 0.00000 BIOMT1 5 0.499998 -0.645498 0.577338 0.00000 BIOMT2 5 -0.866031 -0.372681 0.333333 0.00000 BIOMT3 5 0.000004 -0.666675 -0.745351 0.00000 BIOMT1 6 0.309020 -0.755754 -0.577352 0.00000 BIOMT2 6 -0.755766 -0.563664 0.333336 0.00000 BIOMT3 6 -0.577350 0.333329 -0.745356 0.00000 BIOMT1 7 0.809022 -0.467080 -0.356818 0.00000 BIOMT2 7 -0.110259 0.475688 -0.872669 0.00000 BIOMT3 7 0.577360 0.745362 0.333326 0.00000 BIOMT1 8 0.809023 0.110276 -0.577347 0.00000 BIOMT2 8 -0.467084 -0.475684 -0.745347 0.00000 BIOMT3 8 -0.356817 0.872684 -0.333338 0.00000 BIOMT1 9 0.309005 -0.178418 0.934164 0.00000 BIOMT2 9 0.178413 0.975684 0.127318 0.00000 BIOMT3 9 -0.934180 0.127320 0.333344 0.00000 BIOMT1 10 0.809013 0.467090 0.356821 0.00000 BIOMT2 10 0.110270 0.475686 -0.872672 0.00000 BIOMT3 10 -0.577350 0.745363 0.333336 0.00000 BIOMT1 11 -0.500000 -0.866025 0.000000 0.00000 BIOMT2 11 0.866025 -0.500000 0.000000 0.00000 BIOMT3 11 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMT1 12 0.309025 0.178416 -0.934162 0.00000 BIOMT2 12 0.178407 -0.975685 -0.127327 0.00000 BIOMT3 12 -0.934180 -0.127331 -0.333324 0.00000 BIOMT1 13 0.000008 -0.356815 -0.934162 0.00000 BIOMT2 13 0.934172 -0.333335 0.127316 0.00000 BIOMT3 13 -0.356826 -0.872687 0.333341 0.00000 BIOMT1 14 0.309013 0.755757 0.577344 0.00000 BIOMT2 14 0.755763 -0.563657 0.333326 0.00000 BIOMT3 14 0.577363 0.333334 -0.745361 0.00000 BIOMT1 15 0.500005 0.645500 -0.577344 0.00000 BIOMT2 15 0.866026 -0.372677 0.333323 0.00000 BIOMT3 15 0.000004 -0.666675 -0.745351 0.00000 BIOMT1 16 0.500002 0.866024 -0.000001 0.00000 BIOMT2 16 0.645502 -0.372670 -0.666669 0.00000 BIOMT3 16 -0.577350 0.333329 -0.745356 0.00000 BIOMT1 17 -0.309024 -0.178418 0.934162 0.00000 BIOMT2 17 0.755763 -0.642347 0.127321 0.00000 BIOMT3 17 0.577360 0.745362 0.333326 0.00000 BIOMT1 18 -0.000005 0.356816 0.934163 0.00000 BIOMT2 18 0.934176 0.333344 -0.127323 0.00000 BIOMT3 18 -0.356817 0.872684 -0.333338 0.00000 BIOMT1 19 -0.309013 -0.755758 -0.577343 0.00000 BIOMT2 19 0.178400 -0.642356 0.745350 0.00000 BIOMT3 19 -0.934180 0.127320 0.333344 0.00000 BIOMT1 20 -0.500003 -0.645501 0.577345 0.00000 BIOMT2 20 0.645490 0.166669 0.745352 0.00000 BIOMT3 20 -0.577350 0.745363 0.333336 0.00000 BIOMT1 21 -0.500000 0.866025 0.000000 0.00000 BIOMT2 21 -0.866025 -0.500000 0.000000 0.00000 BIOMT3 21 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 BIOMT1 22 -0.309018 0.755760 0.577349 0.00000 BIOMT2 22 0.178420 0.642355 -0.745345 0.00000 BIOMT3 22 -0.934180 -0.127331 -0.333324 0.00000 BIOMT1 23 -0.809021 0.467084 0.356822 0.00000 BIOMT2 23 -0.467079 -0.142344 -0.872666 0.00000 BIOMT3 23 -0.356826 -0.872687 0.333341 0.00000 BIOMT1 24 -0.809016 0.110263 -0.577341 0.00000 BIOMT2 24 -0.110268 0.936333 0.333332 0.00000 BIOMT3 24 0.577363 0.333334 -0.745361 0.00000 BIOMT1 25 -1.000003 -0.000002 0.000006 0.00000 BIOMT2 25 0.000005 0.745358 -0.666656 0.00000 BIOMT3 25 0.000004 -0.666675 -0.745351 0.00000 BIOMT1 26 -0.809022 -0.110270 0.577353 0.00000 BIOMT2 26 0.110264 0.936334 0.333333 0.00000 BIOMT3 26 -0.577350 0.333329 -0.745356 0.00000 BIOMT1 27 -0.499998 0.645498 -0.577344 0.00000 BIOMT2 27 -0.645504 0.166659 0.745348 0.00000 BIOMT3 27 0.577360 0.745362 0.333326 0.00000 BIOMT1 28 -0.809018 -0.467092 -0.356816 0.00000 BIOMT2 28 -0.467092 0.142340 0.872670 0.00000 BIOMT3 28 -0.356817 0.872684 -0.333338 0.00000 BIOMT1 29 0.000008 0.934176 -0.356821 0.00000 BIOMT2 29 -0.356813 -0.333328 -0.872668 0.00000 BIOMT3 29 -0.934180 0.127320 0.333344 0.00000 BIOMT1 30 -0.309010 0.178411 -0.934166 0.00000 BIOMT2 30 -0.755760 -0.642355 0.127320 0.00000 BIOMT3 30 -0.577350 0.745363 0.333336 0.00000 BIOMT1 31 -0.500000 0.866025 0.000000 0.00000 BIOMT2 31 0.866025 0.500000 0.000000 0.00000 BIOMT3 31 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 BIOMT1 32 -0.309018 0.755760 0.577349 0.00000 BIOMT2 32 -0.178420 -0.642355 0.745345 0.00000 BIOMT3 32 0.934180 0.127331 0.333324 0.00000 BIOMT1 33 -0.809021 0.467084 0.356822 0.00000 BIOMT2 33 0.467079 0.142344 0.872666 0.00000 BIOMT3 33 0.356826 0.872687 -0.333341 0.00000 BIOMT1 34 -0.809016 0.110263 -0.577341 0.00000 BIOMT2 34 0.110268 -0.936333 -0.333332 0.00000 BIOMT3 34 -0.577363 -0.333334 0.745361 0.00000 BIOMT1 35 -1.000003 -0.000002 0.000006 0.00000 BIOMT2 35 -0.000005 -0.745358 0.666656 0.00000 BIOMT3 35 -0.000004 0.666675 0.745351 0.00000 BIOMT1 36 -0.809022 -0.110270 0.577353 0.00000 BIOMT2 36 -0.110264 -0.936334 -0.333333 0.00000 BIOMT3 36 0.577350 -0.333329 0.745356 0.00000 BIOMT1 37 -0.499998 0.645498 -0.577344 0.00000 BIOMT2 37 0.645504 -0.166659 -0.745348 0.00000 BIOMT3 37 -0.577360 -0.745362 -0.333326 0.00000 BIOMT1 38 -0.809018 -0.467092 -0.356816 0.00000 BIOMT2 38 0.467092 -0.142340 -0.872670 0.00000 BIOMT3 38 0.356817 -0.872684 0.333338 0.00000 BIOMT1 39 0.000008 0.934176 -0.356821 0.00000 BIOMT2 39 0.356813 0.333328 0.872668 0.00000 BIOMT3 39 0.934180 -0.127320 -0.333344 0.00000 BIOMT1 40 -0.309010 0.178411 -0.934166 0.00000 BIOMT2 40 0.755760 0.642355 -0.127320 0.00000 BIOMT3 40 0.577350 -0.745363 -0.333336 0.00000 BIOMT1 41 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 41 0.000000 -1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 41 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 BIOMT1 42 -0.000007 -0.934176 0.356813 0.00000 BIOMT2 42 0.356827 -0.333330 -0.872672 0.00000 BIOMT3 42 0.934180 0.127331 0.333324 0.00000 BIOMT1 43 0.809013 -0.110269 0.577340 0.00000 BIOMT2 43 0.467093 -0.475679 -0.745350 0.00000 BIOMT3 43 0.356826 0.872687 -0.333341 0.00000 BIOMT1 44 0.500003 -0.866020 -0.000003 0.00000 BIOMT2 44 0.645495 0.372676 0.666658 0.00000 BIOMT3 44 -0.577363 -0.333334 0.745361 0.00000 BIOMT1 45 0.499998 -0.645498 0.577338 0.00000 BIOMT2 45 0.866031 0.372681 -0.333333 0.00000 BIOMT3 45 -0.000004 0.666675 0.745351 0.00000 BIOMT1 46 0.309020 -0.755754 -0.577352 0.00000 BIOMT2 46 0.755766 0.563664 -0.333336 0.00000 BIOMT3 46 0.577350 -0.333329 0.745356 0.00000 BIOMT1 47 0.809022 -0.467080 -0.356818 0.00000 BIOMT2 47 0.110259 -0.475688 0.872669 0.00000 BIOMT3 47 -0.577360 -0.745362 -0.333326 0.00000 BIOMT1 48 0.809023 0.110276 -0.577347 0.00000 BIOMT2 48 0.467084 0.475684 0.745347 0.00000 BIOMT3 48 0.356817 -0.872684 0.333338 0.00000 BIOMT1 49 0.309005 -0.178418 0.934164 0.00000 BIOMT2 49 -0.178413 -0.975684 -0.127318 0.00000 BIOMT3 49 0.934180 -0.127320 -0.333344 0.00000 BIOMT1 50 0.809013 0.467090 0.356821 0.00000 BIOMT2 50 -0.110270 -0.475686 0.872672 0.00000 BIOMT3 50 0.577350 -0.745363 -0.333336 0.00000 BIOMT1 51 -0.500000 -0.866025 0.000000 0.00000 BIOMT2 51 -0.866025 0.500000 0.000000 0.00000 BIOMT3 51 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 BIOMT1 52 0.309025 0.178416 -0.934162 0.00000 BIOMT2 52 -0.178407 0.975685 0.127327 0.00000 BIOMT3 52 0.934180 0.127331 0.333324 0.00000 BIOMT1 53 0.000008 -0.356815 -0.934162 0.00000 BIOMT2 53 -0.934172 0.333335 -0.127316 0.00000 BIOMT3 53 0.356826 0.872687 -0.333341 0.00000 BIOMT1 54 0.309013 0.755757 0.577344 0.00000 BIOMT2 54 -0.755763 0.563657 -0.333326 0.00000 BIOMT3 54 -0.577363 -0.333334 0.745361 0.00000 BIOMT1 55 0.500005 0.645500 -0.577344 0.00000 BIOMT2 55 -0.866026 0.372677 -0.333323 0.00000 BIOMT3 55 -0.000004 0.666675 0.745351 0.00000 BIOMT1 56 0.500002 0.866024 -0.000001 0.00000 BIOMT2 56 -0.645502 0.372670 0.666669 0.00000 BIOMT3 56 0.577350 -0.333329 0.745356 0.00000 BIOMT1 57 -0.309024 -0.178418 0.934162 0.00000 BIOMT2 57 -0.755763 0.642347 -0.127321 0.00000 BIOMT3 57 -0.577360 -0.745362 -0.333326 0.00000 BIOMT1 58 -0.000005 0.356816 0.934163 0.00000 BIOMT2 58 -0.934176 -0.333344 0.127323 0.00000 BIOMT3 58 0.356817 -0.872684 0.333338 0.00000 BIOMT1 59 -0.309013 -0.755758 -0.577343 0.00000 BIOMT2 59 -0.178400 0.642356 -0.745350 0.00000 BIOMT3 59 0.934180 -0.127320 -0.333344 0.00000 BIOMT1 60 -0.500003 -0.645501 0.577345 0.00000 BIOMT2 60 -0.645490 -0.166669 -0.745352 0.00000 BIOMT3 60 0.577350 -0.745363 -0.333336 0.00000

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*UP*CP*UP*AP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*U)-3'


分子量: 6391.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Coat protein


分子量: 13711.505 Da / 分子数: 3 / Mutation: N87S, E89K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
属: LevivirusEmesvirus / 生物種: Enterobacteria phage MS2Bacteriophage MS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03612
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: MS2 Coat protein in 1.25% or 1.5% PEG 8000, 0.4M SODIUM PHOSPHATE BUFFER, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
20.4M SODIUM PHOSPHATE BUFFER11
3water水11
4PEG 800012
50.4M SODIUM PHOSPHATE BUFFER12
6water水12

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 228202 / Num. obs: 147903 / % possible obs: 64.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.212 / Net I/σ(I): 2.8
反射 シェル解像度: 2.9→2.99 Å / 冗長度: 1.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.461 / % possible all: 65.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2MS2

2ms2


解像度: 2.9→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The waters listed in remark 525 are ncs symmetry related waters which are in hydrogen bonding distance to protein or RNA when the biological molecule is generated. NCS symmetry related B ...詳細: The waters listed in remark 525 are ncs symmetry related waters which are in hydrogen bonding distance to protein or RNA when the biological molecule is generated. NCS symmetry related B chain instead of the chain used for the actual refinement has been included so that the protein-RNA interactions between the AB dimer and the R chain RNA are clear without generating the NCS symmetry related 'B' chain.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.203 5919 RANDOM
Rwork0.197 --
all0.197 228202 -
obs0.197 147903 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2886 258 0 119 3263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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