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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2alr | |||||||||
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タイトル | ALDEHYDE REDUCTASE | |||||||||
要素 | ALDEHYDE REDUCTASE | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / TIM-BARREL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / D-glucuronate catabolic process to D-xylulose 5-phosphate / Formation of xylulose-5-phosphate / alcohol dehydrogenase (NADP+) / D-glucuronate catabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / cellular aldehyde metabolic process ...glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / D-glucuronate catabolic process to D-xylulose 5-phosphate / Formation of xylulose-5-phosphate / alcohol dehydrogenase (NADP+) / D-glucuronate catabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / cellular aldehyde metabolic process / cellular detoxification of aldehyde / glutathione derivative biosynthetic process / aldo-keto reductase (NADPH) activity / L-glucuronate reductase activity / D/L-glyceraldehyde reductase / Glutathione conjugation / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / aldose reductase (NADPH) activity / glucose metabolic process / oxidoreductase activity / electron transfer activity / apical plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.48 Å | |||||||||
データ登録者 | El-Kabbani, O. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994 タイトル: Structures of human and porcine aldehyde reductase: an enzyme implicated in diabetic complications. 著者: El-Kabbani, O. / Green, N.C. / Lin, G. / Carson, M. / Narayana, S.V. / Moore, K.M. / Flynn, T.G. / DeLucas, L.J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993 タイトル: Crystallization and Preliminary Structure Determination of Porcine Aldehyde Reductase from Two Crystal Forms 著者: El-Kabbani, O. / Lin, G. / Narayana, S.V.L. / Moore, K.M. / Green, N.C. / Flynn, T.G. / Delucas, L.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2alr.cif.gz | 69.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2alr.ent.gz | 52.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2alr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2alr_validation.pdf.gz | 369.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2alr_full_validation.pdf.gz | 380.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2alr_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2alr_validation.cif.gz | 12.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/2alr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/2alr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36486.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: KIDNEY / 組織: MEDULLA, CORTEX / 参照: UniProt: P14550, alcohol dehydrogenase (NADP+) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.2 / 詳細: pH 6.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / pH: 6.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年4月14日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 10591 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 0.98 % / Rmerge(I) obs: 0.083 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.48→6 Å / σ(F): 4 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.48→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |