+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2alb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR structure of the N-terminal domain a of the glycoprotein chaperone ERp57 | ||||||
要素 | Protein disulfide-isomerase A3 | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Thioredoxin fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Tapasin-ERp57 complex / Calnexin/calreticulin cycle / プロテインジスルフィドイソメラーゼ / protein folding in endoplasmic reticulum / disulfide oxidoreductase activity / phospholipase C activity / cellular response to interleukin-7 / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity ...Tapasin-ERp57 complex / Calnexin/calreticulin cycle / プロテインジスルフィドイソメラーゼ / protein folding in endoplasmic reticulum / disulfide oxidoreductase activity / phospholipase C activity / cellular response to interleukin-7 / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / phagocytic vesicle / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to endoplasmic reticulum stress / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / MHC class I peptide loading complex / 血小板 / recycling endosome membrane / メラノソーム / フォールディング / ER-Phagosome pathway / 獲得免疫系 / 小胞体 / cysteine-type endopeptidase activity / focal adhesion / 細胞膜 / 小胞体 / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Silvennoinen, L. / Tossavainen, H. / Myllyharju, J. / Permi, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: NMR structure of the N-terminal domain a of the glycoprotein chaperone ERp57 著者: Silvennoinen, L. / Tossavainen, H. / Myllyharju, J. / Permi, P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2alb.cif.gz | 644.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2alb.ent.gz | 560 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2alb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/2alb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/2alb | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12082.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans 参照: UniProt: P30101, プロテインジスルフィドイソメラーゼ |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
---|
-試料調製
試料状態 | イオン強度: 0.8-2.5 mM / pH: 6.3 / 温度: 298 K |
---|
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |