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- PDB-2a8v: RHO TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR/RNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a8v
タイトルRHO TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR/RNA COMPLEX
要素
  • 5'-R(P*CP*CP*C)-3'
  • 5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
  • RNA BINDING DOMAIN OF RHO TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR
キーワードPROTEIN/RNA / RHO / OB FOLD / SINGLE-STRANDED NUCLEIC ACID BINDING DOMAIN / PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent activity, acting on RNA / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / hydrolase activity / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #10 / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain ...Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #10 / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / Cold shock domain / Cold shock protein domain / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / Transcription termination factor Rho / Transcription termination factor Rho
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bogden, C.E. / Fass, D. / Bergman, N. / Nichols, M.D. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1999
タイトル: The structural basis for terminator recognition by the Rho transcription termination factor.
著者: Bogden, C.E. / Fass, D. / Bergman, N. / Nichols, M.D. / Berger, J.M.
履歴
登録1998年11月8日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-R(P*CP*CP*C)-3'
E: 5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
A: RNA BINDING DOMAIN OF RHO TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR
B: RNA BINDING DOMAIN OF RHO TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR
C: RNA BINDING DOMAIN OF RHO TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3115
ポリマ－42,3115
非ポリマー00
水1,45981
1
D: 5'-R(P*CP*CP*C)-3'
A: RNA BINDING DOMAIN OF RHO TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0892
ポリマ－14,0892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'
B: RNA BINDING DOMAIN OF RHO TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0042
ポリマ－15,0042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA BINDING DOMAIN OF RHO TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2181
ポリマ－13,2181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.783, 31.308, 105.751
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.98, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9853, -0.01163, -0.17042), (0.00073, 0.99796, -0.06391), (0.17081, 0.06285, 0.9833)9.95693, 1.32919, 58.18643
2given(0.98096, -0.153, 0.11959), (0.16053, 0.98544, -0.05604), (-0.10928, 0.07417, 0.99124)68.2959, 25.45975, 29.209

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(P*CP*CP*C)-3'


分子量: 870.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5A / プラスミド: PET24B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: RNA鎖 5'-R(P*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3'


分子量: 1786.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 RNA BINDING DOMAIN OF RHO TRANSCRIPTION TERMINATION FACTOR / RHO


分子量: 13218.041 Da / 分子数: 3 / Fragment: N-TERMINAL RNA BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P03002, UniProt: P0AG30*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5
結晶化
*PLUS
温度: 30 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
210-20 %MPD1reservoir
350-100 mMammonium acetate1reservoir
4100 mMTris1reservoirpH8.5
54 mM1reservoirCuCl2
62 mMerbium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9779
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→14 Å / Num. obs: 14393 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.283 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.283

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A8V

1a8v


解像度: 2.4→14 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 728 5 %RANDOM
Rwork0.2455 ---
obs0.2455 14393 98.2 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.44 Å20 Å2-6.51 Å2
2--0.484 Å20 Å2
3---1.957 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2787 182 0 81 3050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.14
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.14
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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