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万見
- PDB-2a68: Crystal structure of the T. thermophilus RNA polymerase holoenzym... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a68
タイトルCrystal structure of the T. thermophilus RNA polymerase holoenzyme in complex with antibiotic rifabutin
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...ポリメラーゼ) x 3
  • (RNA polymerase ...RNAポリメラーゼ) x 2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / RNA POLYMERASE HOLOENZYME (RNAポリメラーゼ) / RIFABUTIN (リファブチン) / ANTIBIOTIC (抗生物質) / TRANSCRIPTION REGULATION / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #280 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain ...Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #280 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Beta Complex / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll
類似検索 - ドメイン・相同性
リファブチン / : / : / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Artsimovitch, I. / Vassylyeva, M.N. / Svetlov, D. / Svetlov, V. / Perederina, A. / Igarashi, N. / Matsugaki, N. / Wakatsuki, S. / Tahirov, T.H. / Vassylyev, D.G. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: Allosteric modulation of the RNA polymerase catalytic reaction is an essential component of transcription control by rifamycins.
著者: Artsimovitch, I. / Vassylyeva, M.N. / Svetlov, D. / Svetlov, V. / Perederina, A. / Igarashi, N. / Matsugaki, N. / Wakatsuki, S. / Tahirov, T.H. / Vassylyev, D.G.
履歴
登録2005年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
B: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
C: DNA-directed RNA polymerase beta chain
D: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
E: RNA polymerase omega chain
F: RNA polymerase sigma factor rpoD
K: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
L: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
M: DNA-directed RNA polymerase beta chain
N: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
O: RNA polymerase omega chain
P: RNA polymerase sigma factor rpoD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)868,886580
ポリマ－853,27112
非ポリマー15,615568
水123,3136845
1
A: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
B: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
C: DNA-directed RNA polymerase beta chain
D: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
E: RNA polymerase omega chain
F: RNA polymerase sigma factor rpoD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)435,221322
ポリマ－426,6356
非ポリマー8,585316
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area43430 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area147310 Å2
手法PISA
2
K: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
L: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
M: DNA-directed RNA polymerase beta chain
N: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
O: RNA polymerase omega chain
P: RNA polymerase sigma factor rpoD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)433,665258
ポリマ－426,6356
非ポリマー7,030252
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area43920 Å2
ΔGint-174 kcal/mol
Surface area146110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)239.500, 239.500, 253.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase ... , 3種, 8分子 ABKLCMDN

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase alpha chain / RNAP alpha subunit / Transcriptase alpha chain / RNA polymerase alpha subunit


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q9Z9H6, UniProt: Q5SHR6*PLUS, ポリメラーゼ
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase beta chain / RNAP beta subunit / Transcriptase beta chain / RNA polymerase beta subunit


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q8RQE9, ポリメラーゼ
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase beta' chain / RNAP beta' subunit / Transcriptase beta' chain / RNA polymerase beta' subunit


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q8RQE8, ポリメラーゼ

-
RNA polymerase ... , 2種, 4分子 EOFP

#4: タンパク質 RNA polymerase omega chain


分子量: 11521.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: 20160394, UniProt: Q8RQE7*PLUS, ポリメラーゼ
#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor rpoD


分子量: 48568.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: GenBank: 46198472, UniProt: Q5SKW1*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 7413分子

#6: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-RBT / RIFABUTIN / (9S,12E,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,22E,24Z)-6-16,18,20- TETRAHYDROXY-1'-ISOBUTYL-14-METHOXY-7,9,15,17,19,21,25- HEPTAMETHYLSPIRO(9,4-(EPOXYPENTADECA(1,11,13)TRIENIMINO)-2H- FURO(2',3':7,8)NAPHTH(1,2-D)IMIDAZOLE-2,4'-PIPERIDINE)- 5,10,26(3H,9H)-TRIONE,16-ACETATE / ANSAMYCIN / リファブチン / リファブチン


分子量: 847.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H62N4O11 / コメント: 抗生剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6845 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MG FORMATE, PEG400, SPERMIDINE, TRIS HCL, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 560482 / Num. obs: 511160 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 78.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IW7

1iw7


解像度: 2.5→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THIS IS A TWINNED STRUCTURE. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (-H,-K,L) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.5. THE R-FACTOR IS 0.225 AND THE R-FREE IS 0.257 WHEN THIS TWINNING OPERATOR IS USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 29386 5.2 %RANDOM
Rwork0.225 ---
all0.23 511160 --
obs0.225 511160 --
原子変位パラメータBiso mean: 68.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53556 0 688 6845 61089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.86
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 2465 4.4 %
Rwork0.317 40677 -
obs--78 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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