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万見
- PDB-1zyr: Structure of Thermus thermophilus RNA polymerase holoenzyme in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zyr
タイトルStructure of Thermus thermophilus RNA polymerase holoenzyme in complex with the antibiotic streptolydigin
要素(DNA-directed RNA polymerase ...ポリメラーゼ) x 5
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSFERASE (転移酵素) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / streptolydigin / holoenzyme (酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 ...Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2 - #10 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1810 / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Beta Complex / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex
類似検索 - ドメイン・相同性
STREPTOLYDIGIN / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Tuske, S. / Sarafianos, S.G. / Wang, X. / Hudson, B. / Sineva, E. / Mukhopadhyay, J. / Birktoft, J.J. / Leroy, O. / Ismail, S. / Clark, A.D. ...Tuske, S. / Sarafianos, S.G. / Wang, X. / Hudson, B. / Sineva, E. / Mukhopadhyay, J. / Birktoft, J.J. / Leroy, O. / Ismail, S. / Clark, A.D. / Dharia, C. / Napoli, A. / Laptenko, O. / Lee, J. / Borukhov, S. / Ebright, R.H. / Arnold, E.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: Inhibition of bacterial RNA polymerase by streptolydigin: stabilization of a straight-bridge-helix active-center conformation.
著者: Tuske, S. / Sarafianos, S.G. / Wang, X. / Hudson, B. / Sineva, E. / Mukhopadhyay, J. / Birktoft, J.J. / Leroy, O. / Ismail, S. / Clark, A.D. / Dharia, C. / Napoli, A. / Laptenko, O. / Lee, J. ...著者: Tuske, S. / Sarafianos, S.G. / Wang, X. / Hudson, B. / Sineva, E. / Mukhopadhyay, J. / Birktoft, J.J. / Leroy, O. / Ismail, S. / Clark, A.D. / Dharia, C. / Napoli, A. / Laptenko, O. / Lee, J. / Borukhov, S. / Ebright, R.H. / Arnold, E.
履歴
登録2005年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
B: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
C: DNA-directed RNA polymerase beta chain
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' chain
E: DNA-directed RNA polymerase omega chain
F: DNA-directed RNA polymerase sigma chain
K: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
L: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
M: DNA-directed RNA polymerase beta chain
N: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' chain
O: DNA-directed RNA polymerase omega chain
P: DNA-directed RNA polymerase sigma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)854,78320
ポリマ－853,27112
非ポリマー1,5128
水0
1
A: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
B: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
C: DNA-directed RNA polymerase beta chain
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' chain
E: DNA-directed RNA polymerase omega chain
F: DNA-directed RNA polymerase sigma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)427,39110
ポリマ－426,6356
非ポリマー7564
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44530 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area148680 Å2
手法PISA
2
K: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
L: DNA-directed RNA polymerase alpha chain
M: DNA-directed RNA polymerase beta chain
N: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' chain
O: DNA-directed RNA polymerase omega chain
P: DNA-directed RNA polymerase sigma chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)427,39110
ポリマ－426,6356
非ポリマー7564
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area43860 Å2
ΔGint-206 kcal/mol
Surface area149150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)237.000, 237.000, 250.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP32

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 5種, 12分子 ABKLCMDNEOFP

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase alpha chain / E.C.2.7.7.6 / RNAP alpha subunit / Transcriptase alpha chain / RNA polymerase alpha subunit


分子量: 35056.164 Da / 分子数: 4 / 断片: subumit alpha / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SHR6, ポリメラーゼ
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase beta chain / E.C.2.7.7.6 / RNAP beta subunit / Transcriptase beta chain / RNA polymerase beta subunit


分子量: 125436.539 Da / 分子数: 2 / 断片: subunit beta / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q8RQE9, ポリメラーゼ
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' chain / ポリメラーゼ / E.C.2.7.7.6 / RNAP beta


分子量: 170997.391 Da / 分子数: 2 / 断片: subunit beta-prime / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q8RQE8, ポリメラーゼ
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase omega chain / RNAP omega subunit / Transcriptase omega chain / RNA polymerase omega subunit


分子量: 11521.221 Da / 分子数: 2 / 断片: subunit omega / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q8RQE7
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase sigma chain / RNA polymerase sigma factor rpoD


分子量: 48568.008 Da / 分子数: 2 / 断片: subunit sigma / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: Q5SKW1

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非ポリマー , 3種, 8分子

#6: 化合物 ChemComp-STD / STREPTOLYDIGIN / 2-PYRROLIDINEACETAMIDE / PORTAMYCIN / ストレプトリジギン / Streptolydigin


分子量: 600.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H44N2O9 / コメント: 抗生剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.85
詳細: 33 mM Magnesium formate over a reservoir of 33 mM Magnesium format and 30 mM sodium citrate pH 5.85, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 139391 / Num. obs: 139391 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IW7

1iw7


解像度: 3→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2815 2422 -
Rwork0.2612 --
all-139391 -
obs-139391 77.9 %
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.141 Å2-7.657 Å20 Å2
2--0.176 Å20 Å2
3----0.317 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.5 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1 Å0.93 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53956 0 93 0 54049
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d60
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1831.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1062
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.2752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.1452.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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