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- PDB-1zxv: X-Ray Crystal Structure of the Anthrax Lethal Factor Bound to a S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zxv
タイトルX-Ray Crystal Structure of the Anthrax Lethal Factor Bound to a Small Molecule Inhibitor, BI-MFM3, 3-{5-[5-(4-Chloro-phenyl)-furan-2-ylmethylene]-4-oxo-2-thioxo-thiazolidin-3-yl}-propionic acid.
要素lethal factor
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Anthrax Toxin Lethal Factor / protein and small molecule inhibitor complex / zinc metalloproteinase (金属プロテアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / metallopeptidase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, central domain / Anthrax toxin lethal factor, middle domain / Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Collagenase (Catalytic Domain) ...Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, domain 3, chain A / Anthrax toxin lethal factor, central domain / Anthrax toxin lethal factor, middle domain / Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MFM / : / Lethal factor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Wong, T.Y. / Liddington, R.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Efficient synthetic inhibitors of anthrax lethal factor.
著者: Forino, M. / Johnson, S. / Wong, T.Y. / Rozanov, D.V. / Savinov, A.Y. / Li, W. / Fattorusso, R. / Becattini, B. / Orry, A.J. / Jung, D. / Abagyan, R.A. / Smith, J.W. / Alibek, K. / ...著者: Forino, M. / Johnson, S. / Wong, T.Y. / Rozanov, D.V. / Savinov, A.Y. / Li, W. / Fattorusso, R. / Becattini, B. / Orry, A.J. / Jung, D. / Abagyan, R.A. / Smith, J.W. / Alibek, K. / Liddington, R.C. / Strongin, A.Y. / Pellecchia, M.
履歴
登録2005年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lethal factor
B: lethal factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,6326
ポリマ－180,7142
非ポリマー9194
水0
1
A: lethal factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8163
ポリマ－90,3571
非ポリマー4592
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: lethal factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8163
ポリマ－90,3571
非ポリマー4592
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.960, 136.650, 97.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 lethal factor / LF / Anthrax lethal toxin endopeptidase component


分子量: 90356.812 Da / 分子数: 2 / 断片: Mature peptide / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: lef / プラスミド: pSJ119 / 発現宿主: Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株 (発現宿主): BH441
参照: GenBank: 143144, UniProt: Q52NH3*PLUS, anthrax lethal factor endopeptidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MFM / (E)-3-(5((5-(4-CHLOROPHENYL)FURAN-2-YL)METHYLENE)-4-OXO-2-THIOXOTHIAZOLIDIN-3-YL)PROPANOIC ACID


分子量: 393.864 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12ClNO4S2
詳細: Chemically synthesised compound based upon initial virtual ligand screening and protein crystal data of initial leads.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Ammonium sulfate, Tris-HCl, EDTA., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年8月22日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→49 Å / Num. all: 160988 / Num. obs: 70243 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 13.29
反射 シェル解像度: 2.67→2.77 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique all: 70243 / Rsym value: 0.5945 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1J7N

1j7n


解像度: 2.67→49 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 3306 -Random
Rwork0.231 ---
all-70918 --
obs-65310 98.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12036 0 52 0 12088

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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